利用高通量测序快速定位目标性状位点的研究

• 作者: 张孟臣 杨春燕 林静 赵团结 赵青松
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 高世代混池 高通量测序 SNP变异 遗传定位 分子标记开发
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 47-53
• 页数: 7页
• 分类号: Q78|S565.03
• 字数: 4831字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.20191003

摘要

为了快速鉴定目标性状遗传位点,开发与性状连锁的分子标记,用于剔除高世代选育株行中不利性状,从而加速育种进程.以大豆MS轮回群体中发生花色分离的F6株行为研究材料,利用其衍生的F6:7中20个紫花和17个白花纯合家系分别构建2个DNA混池,通过高通量重测序技术获得变异信息,明确SNP富集区,并在SNP富集区内开发分子标记对目标性状进行连锁分析.结果显示,在2个DNA混池间发现329992个SNP位点,表明混池间的遗传背景已经非常相似,但未发现明显SNP富集区,表明可能存在较多假阳性位点;进一步对高质量(Quality>100)的SNP变异位点进行筛选,并去除杂合SNP位点,最终获得3371个可信位点.其中,位于13号染色上的SNP变异有700个(占比20.77％),并在20～30 Mb的物理区间形成一个最大的SNP富集区,推测调控花色的W1位点可能位于此区间内.利用该区间内SNP信息开发出dCAPS-1、dCAPS-2分子标记,连锁分析结果显示其与W1位点紧密连锁(W1-(0.4 cM)-dCAPS-1-(2.3 cM)-dCAPS-2),表明W1位点位于SNP富集区内.综上所述,通过构建高世代株行的分离群体混池,利用高通量测序方法可以快速定位控制目标性状的遗传位点,且开发的dCAPS标记可以有效剔除不利性状,从而加速遗传育种进程.