岩陀ITS2片段PCR扩增条件优化及物种鉴别研究

• 作者: 方强强 王燕
• 来源期刊: 现代园艺
• 关键词: 岩陀 DNA提取 核糖体ITS2 PCR扩增条件 测序 分子鉴别
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 31-34
• 页数: 4页
• 字数: 4764字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-4958.2019.05.015

摘要

以岩陀植物叶片为材料,利用试剂盒提取方法提取植物叶片中的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增条件优化并对ITS2序列鉴别物种能力进行考察;通过单因素实验分别研究退火温度、DNA模板量、循环次数等因素对岩陀DNA条形码鉴别中所选的ITS2序列扩增反应的影响,并对扩增体系进行优化,采用Seqman7.1软件对测序峰图进行校对拼接,应用MEGA计算种内种间遗传距离,采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树;结果表明:优化后的PCR扩增反应体系总体积为25μL,含Taq PCR Master Mix 12.5μL、DNA模板量5ng、上下游引物(10mol/L)各1μL、ddH2O 9.5μL,ITS2序列在退火温度设置为60℃,循环次数为30次的条件下进行PCR扩增,获得清晰单一的电泳条带,ITS2测序成功率100％,比对后的序列长度475bp,GC含量约50％,种内种间变异存在重叠,没有明显的Barcoding gap;结论:通过试剂盒提取岩陀植物叶片DNA,在优化后的PCR扩增反应体系对ITS2序列进行扩增,可以满足后续对鬼灯檠属多基原植物岩陀的亲缘关系、物种鉴别和遗传多样性等领域的研究,但ITS2序列不适合岩陀种DNA条形码鉴别.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王燕	大理大学药学与化学学院	17	20	3.0	4.0
2	方强强	大理大学药学与化学学院	5	1	1.0	1.0