植入(l,d)模体发现若干算法的实现与比较

• 作者: 胡宏涛 龚逸文
• 来源期刊: 智能计算机与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 模体发现 生物信息学 算法
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 科技创见与应用
• 页码范围: 211-213
• 页数: 3页
• 分类号: TP311.13
• 字数: 2522字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-2163.2019.01.048

摘要

模体发现是生物信息学的核心问题之一,对于研究基因表达的调控机制有着极为重要的生物意义.植入(l,d)模体发现(Planted(l,d)motif search,PMS)是模体发现领域中一个广为接受的问题模型.本文主要研究了4个基础的算法解决模体发现问题,这些算法可以帮助人们理解模体发现问题.4个精确算法主要包括:(1)实现基于候选模体实例字符串深度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PMS问题.(2)实现基于候选模体字符深度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PMS问题.(3)实现基于候选模体字符广度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PMS问题.(4)实现PMSP算法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	胡宏涛	西安石油大学计算机学院	27	248	6.0	15.0
2	龚逸文	西安石油大学计算机学院	1	0	0.0	0.0