胃癌枢纽基因的筛选和预后分析

• 作者: 吴之涵 孙梦雨 张倩 朱爽秋 邱洁萍 陈博
• 来源期刊: 中国普通外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 胃肿瘤 基因表达 预后 计算生物学
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 433-440
• 页数: 8页
• 分类号: R735.2
• 字数: 3713字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7659/j.issn.1005-6947.2019.04.008

摘要

目的:运用生物信息学方法探讨胃癌的预测指标和治疗靶点,并分析其与预后的关系.方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载3个微阵列数据集(GSE 13911、GSE33651、GSE79973),运用GEO2R筛选出胃癌样本与正常组织样本间的差异表达基因,通过基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异基因进行功能和通路注释,同时使用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络(PPI),筛选出枢纽基因,结合Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的枢纽基因进行预后分析.结果:共筛选出135个差异表达基因,其中68个上调,67个下调.GO分析结果表明差异表达基因主要参与信号转导、钙离子结合、细胞外外泌体等生物学过程.KEGG分析显示差异基因主要富集的通路包括PI3K/Akt信号通路、ECM受体相互作用、黏着斑.经PPI分析筛选得出COL1A1、COL1A2、COL4A1、FN1、THBS1、CD44、COL2A1、COL4A2、CXCL8、COL5A1为枢纽基因,生存分析显示除THBS1的上调,其余基因的差异表达均影响胃癌患者的总体生存率.结论:所筛选的枢纽基因的异常表达可能参与胃癌的发生发展过程,与胃癌患者的预后密切相关,可以作为潜在的预测指标和治疗靶点为胃癌的进一步研究提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈博	安徽医科大学第一附属医院胃肠外科	35	92	5.0	8.0
2	孙梦雨	安徽医科大学第一临床医学院	4	7	2.0	2.0
3	邱洁萍	安徽医科大学第一临床医学院	4	7	2.0	2.0
4	吴之涵	安徽医科大学第一临床医学院	4	7	2.0	2.0
5	张倩	安徽医科大学第一临床医学院	12	23	3.0	3.0
6	朱爽秋	安徽医科大学第一临床医学院	4	7	2.0	2.0