通过生物信息学方法构建调控网络筛选前列腺癌关键基因

• 作者: 刘冰 叶芸 李苏亮 王雨琛 相莲 袁小华
• 来源期刊: 山西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 前列腺癌 调控网络 关键基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 肿瘤研究
• 页码范围: 1345-1351
• 页数: 7页
• 分类号: R737.25
• 字数: 3283字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13753/j.issn.1007-6611.2019.10.004

摘要

目的 利用生物信息学方法揭示和研究与前列腺癌(PCa)相关的分子机制中潜在功能基因.方法 从GEO数据库的GSE64318和GSE46602数据集获得原始基因表达谱,使用以R软件limma包为基础在线工具GEO2R对两组基因表达进行差异分析.通过预测差异表达的miRNA,mRNA和lncRNA之间的相互作用及作用靶基因,构建mRNA-miRNA-lncRNA相互作用网络.对差异表达的miRNA和miRNA的靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析并构建蛋白质互作网络.结果 研究结果表明60个miRNAs、1578个mRNAs和61个lncRNAs在PCa中有差异表达.mRNA-miRNA-lncRNA网络由5个miRNA、13个lncRNA和45个mRNA组成.差异表达基因主要富集于细胞核和细胞质,参与调控转录,与序列特异性DNA结合相关,并且参与调控PI3K-Akt信号通路,这些通路与癌症和局灶性粘连信号通路有关.此外,6个mRNA(EGFR、VEGFA、PIK3R1、DLG4、TGFBR1和KIT)在相互作用网络中发挥着重要的调控作用.结论 通过建立和分析前列腺癌调控网络,为进一步研究前列腺癌的发生过程及其发展提供了有价值的线索.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘冰	西安医学院第一附属医院输血科	34	86	6.0	7.0
2	叶芸	西安医学院第一附属医院输血科	30	207	8.0	13.0
3	李苏亮	西安医学院第一附属医院输血科	30	152	7.0	11.0
4	袁小华	西安医学院第一附属医院输血科	6	5	2.0	2.0
5	相莲	西安医学院第一附属医院输血科	6	8	2.0	2.0
6	王雨琛	西安医学院第一附属医院输血科	3	0	0.0	0.0