基于生物信息学分析的卵巢癌微小RNA调控网络的初步构建

• 作者: 丁世家 李丹丹 陈维贤
• 来源期刊: 国际检验医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 微小RNA 卵巢癌 长链非编码RNA 数据库
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 论著·基础研究
• 页码范围: 132-135
• 页数: 4页
• 分类号: R737.31
• 字数: 1660字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-4130.2019.02.002

摘要

目的在生物信息学分析基础上初步构建卵巢癌微小RNA(miRNA)及长链非编码RNA(lncRNA)调控网络,探讨miRNA在卵巢癌细胞中的分子调控机制.方法通过miRwalk 2.0及HMDD v2.0精准查询与卵巢癌相关且功能明确的miRNA,根据miRwalk 2.0软件出现频次进行筛选,明确其对应靶基因表达情况.在lncRNA疾病数据库中查询与卵巢癌相关的lncRNA,运用starBase v2.0对所得到的miR-NA和lncRNA进行综合分析,筛选出与上述miRNA相互作用的且与卵巢癌相关的lncRNA.通过Cytoscape软件绘制miRNA在卵巢癌中的分子调控网络.结果hsa-let-7a、hsa-mir-21、hsa-miR-16、hsa-mir-17、hsa-mir-19b、hsa-mir-29a、hsa-mir-92a是介导卵巢癌调控的高频miRNA,成功获取了有关miRNA在卵巢癌中的分子调控网络;初步明确了高频miRNA.lncRNA与miRNA匹配分析发现,lncRNA X(染色体)失活特异性转录物(XIST)作为核心调控因子与高频miRNA相互作用介导卵巢癌基因调控.结论利用生物信息学分析技术成功描绘了一张与卵巢癌相关的miRNA分子调控网络,miRwalk、HMDD、starBase等数据库可有效地用于miRNA与疾病关系的研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈维贤	重庆医科大学第二附属医院检验科	74	348	11.0	15.0
2	丁世家	重庆医科大学临床检验诊断学教育部重点实验室	12	32	4.0	4.0
3	李丹丹	重庆医科大学第二附属医院检验科	12	17	2.0	3.0