大鼠软骨生成过程表达的小分子 RNA 生物信息学分析

• 作者: 孙健 孙梦瑶 王权成 邵世滨 郭源旭 闵自信 韩燕
• 来源期刊: 西安交通大学学报（医学版）
• 关键词: sRNA 生物信息学 软骨生成 大鼠 Solexa 测序
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 462-466
• 页数: 5页
• 分类号: Q78
• 语种: 中文
• DOI: 10.7652/jdyxb201504007

摘要

目的：分析大鼠软骨形成过程中小分子 RNA(sRNA)表达谱变化及其基因功能,探讨软骨细胞增殖与分化的机制。方法取新生、断乳、性成熟3个时间节点的雌性 SD 大鼠股骨头软骨构建 sRNA 文库,Solexa 测序平台鉴定软骨组织全部 sRNA 序列表达,所得的全部清洁序列与 SD 大鼠基因组信息比对,并做生物信息学分析。结果3个文库筛选出与基因组序列完全匹配序列,分别对应着217921条(41.23%)、196650条(38.74%)、245436条(41.54%)unique sRNA 序列。长度为20~24 nt 的 sRNA 占比：d 0为71.94%、d 21为72.85%、d 42为86.39%；其中,长度为22 nt的 sRNA 约占清洁序列的一半。文库序列分布特征,符合高质量 sRNA 文库的特征。超过总数62%的清洁序列来自于成熟 miRNA 序列,但在3个文库中的占比却仅仅只有0.69%、0.78%和0.63%。约60%的unique sRNA 序列无法与 miRBase 20.0和 Rfam9.1匹配。结论3个 sRNA 文库的 miRNA 这种分布模式,可能暗示着有功能不同或者来源各异的 miRNA,参与了对骨骼发育和骨形成关键阶段软骨细胞增殖与分化的调控。