西伯利亚白刺基因组信息初探

• 作者: 张景波 成铁龙 朱礼明 杨秀艳 黎梦娟
• 来源期刊: 林业科学研究
• 关键词: 西伯利亚白刺 流式细胞术 基因组大小 GC含量 SSR标记
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 144-151
• 页数: 8页
• 分类号: S722
• 语种: 中文
• DOI: 10.13275/j.cnki.lykxyj.2020.01.019

摘要

[目的]为了解西伯利亚白刺(Nitraria sibirica Pall)基本基因组信息,如基因组大小、复杂程度等特征.[方法](1)以西伯利亚白刺的幼苗嫩叶为材料,以番茄为标定,用解离液mG解离叶片后,经流式细胞仪检测细胞悬液,收集细胞并计算西伯利亚白刺的C值.(2)通过构建小片段文库,进行Illumina HiSeq测序并分析测序结果,预估其基因组大小、GC含量、杂合率、重复序列比例等,使用MISA脚本对过滤后数据进行SSR位点分析.[结果]西伯利亚白刺预估全基因组大小为526.30 Mbp,基因组GC含量为36.78％,基因组杂合率为0.90％,重复序列比例为55.39％.对测序数据进行SSR位点标记,共得到521 125个SSR位点,其中,单核苷酸重复为342 883个,占总SSR位点的65.80％.[结论]由各项分析指标推测西伯利亚白刺为复杂基因组,可以采用二代Illumina与三代PacBio测序辅以Hi-C技术联合分析,有利于西伯利亚白刺基因组的组装及基因图谱的获取.