龙胆目查尔酮合成酶的生物信息学分析

• 作者: 乔岩 刘越 孙佳庆
• 来源期刊: 沈阳药科大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 龙胆目 查尔酮合成酶 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 生物药学
• 页码范围: 21-30
• 页数: 10页
• 分类号: Q55
• 语种: 中文
• DOI: 10.14066/j.cnki.cn21-1349/r.2020.01.004

摘要

目的 运用生物信息学方法分析GenBank中登录的4种龙胆目植物的5个查尔酮合成酶基因(CHS).方法 分别用ExPASy ProtParam Tool、Prot Scale和Mega等软件,对5个基因的理化性质、跨膜结构、蛋白质二级结构和三级结构及结构域进行了分析和预测,并利用距离矩阵方法中的邻接法构建CHS系统发育树.结果 与结论龙胆目CHS基因编码区(CDS)的全长均为1 170 bp,大约编码389个氨基酸;其中只有华北白前的氨基酸序列预测结果是不稳定蛋白质,另外4个均为稳定的蛋白质;5个都是疏水性蛋白质;二级结构中主要结构元件是α螺旋和不规则卷曲;都具有查尔酮合成酶蛋白典型的结构域;利用同源建模的方法预测了三维结构,与预测的二级结构结果相一致;均无信号肽和跨膜结构.根据CHS蛋白的氨基酸序列对龙胆目及另外62种植物进行了系统分析,四种植物的氨基酸序列聚在一起,它们与唇形目和茄目的同源关系较近,得到的这些相关信息可以为之后进一步的研究奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘越		35	343	11.0	17.0
2	孙佳庆		2	0	0.0	0.0
3	乔岩		2	0	0.0	0.0