基于生物信息学的Hi-C研究现状与发展趋势

• 作者: 刘二虎 刘源 吕红强 吴志芳 郝乐乐 韩九强
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 3D基因组学 Hi-C 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 三维基因组专栏
• 页码范围: 87-99
• 页数: 13页
• 字数: 10847字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16288/j.yczz.19-163

摘要

染色体的空间交互作用被视为影响基因表达调控的重要因素,高通量染色体构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术已成为3D基因组学中探索染色体空间交互作用的主要实验手段之一.随着Hi-C样本数据的持续累积以及分析处理流程复杂度的不断提升,基于生物信息学的Hi-C数据分析对探究基因表达的时空调控机制而言,是机遇也是挑战.本文从生物信息学角度,综合阐述了Hi-C的国内外研究现状及发展动态,包括数据标准化、多级结构分析、数据可视化以及三维建模,重点剖析了多级结构中的A/B区室(A/B compartments)、拓扑相关域(topological associated domains,TADs)和染色质环(chromain looping),在此基础上分析了该方向未来可能的研究热点及发展趋势,以期为将基因表达调控的探索从传统线性空间进一步拓展到三维结构空间提供支持.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韩九强	西安交通大学电子与信息工程学院	109	903	16.0	24.0
2	刘源	西安交通大学电子与信息工程学院	19	63	6.0	7.0
3	吕红强	西安交通大学电子与信息工程学院	4	1	1.0	1.0
4	郝乐乐	西安交通大学电子与信息工程学院	1	0	0.0	0.0
5	刘二虎	西安交通大学电子与信息工程学院	1	0	0.0	0.0
6	吴志芳	西安交通大学电子与信息工程学院	1	0	0.0	0.0