一株红霉素耐药百日咳鲍特菌的完整基因组分析

• 作者: 于丹 冯欣 史伟 姚开虎 栗东芳 袁林
• 来源期刊: 分子诊断与治疗杂志
• 关键词: 百日咳鲍特菌 基因组序列分析 系统发育树分析
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 133-137
• 页数: 5页
• 字数: 3738字
• 语种: 中文

摘要

目的 明确国内一株红霉素耐药百日咳鲍特菌P2013109的全基因组序列,了解其基因特征.方法 对一株抗原基因型为ptxAl/ptxCl/ptxPl/prnl/fim2-1/fim3-1/tcfA2的临床分离红霉素耐药百日咳鲍特菌P2013109采用了二代和三代高通量测序技术进行了全基因组测序,对基因组进行组装、基因预测和功能注释,并与包含我国疫苗株CS、国外疫苗株TohamaⅠ,以及国外发表临床分离的共15株菌的完整基因组序列进行全基因组比较分析.结果 P2013109的完整基因组序列总长度4 126 010 bp,GC含量为67.72％,预测基因有4 085个.该基因组的所有拷贝23s rRNA基因均显示A2047G突变.相比P2013109,其他15株菌主要存在3个比较大的缺失区域.另外,将P2013109与其他16株进行系统发育树分析,显示全部菌株分成3个遗传分支.TohamaⅠ和CS这两个疫苗株归类为Ⅰ型,它们与其他2个型别相比较呈现76个SNPs.P2013109独立为Ⅱ型,与其他菌株的进化关系相对较远,相比较其他菌株呈现25个SNPs.国外菌株为Ⅲ型,与其他菌株相比呈现21个SNPs.结论 国内当前流行的红霉素耐药百日咳鲍特菌具有独特的系统发育分支,其遗传进化与疫苗株和国外流行菌株不同.