肾透明细胞癌关键枢纽基因的筛选及生物信息学分析

• 作者: 徐争光 李晓 李灿楦 林晏廷 陈洁
• 来源期刊: 暨南大学学报（自然科学与医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 肾透明细胞癌 生物信息学 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 页码范围: 303-312
• 页数: 10页
• 分类号: R737.11
• 字数: 4665字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11778/j.jdxb.2020.04.002

摘要

目的:旨在通过生物信息学方法筛选与肾透明细胞癌(ccRCC)发生、发展相关的关键枢纽基因.方法:从公共基因数据库下载ccRCC基因芯片数据集(GSE66270)并筛选ccRCC组织与正常癌旁组织样本间的差异表达基因.R软件的clusterProfiler程序包用于差异表达基因的基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用STRING数据库、Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI)并筛选关键枢纽基因.通过GEPIA数据库对关键枢纽基因进行验证和预后分析.结果:共筛选出280个差异表达基因.GO分析结果显示差异表达基因在离子的稳态、跨膜转运和离子跨膜转运蛋白活性中显著富集.KE GG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与PPAR信号通路、补体和凝血级联反应以及胆固醇代谢等相关肿瘤信号通路.从差异表达基因中筛选出7个关键枢纽基因,包括3个上调基因C3、CXCR4、CXCL9和4个下调基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析结果显示,关键枢纽基因C3和CASR与ccRCC患者的预后不良相关.结论:通过生物信息学方法筛选了与ccRCC发生、发展相关的差异表达基因,筛选出的关键枢纽基因可为后续找到用于ccRCC临床诊断与治疗的靶点提供了理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈洁	暨南大学附属第一医院泌尿外科	69	318	10.0	15.0
2	李晓	暨南大学附属第一医院泌尿外科	4	9	2.0	3.0
3	林晏廷	暨南大学附属第一医院泌尿外科	3	1	1.0	1.0
4	李灿楦	暨南大学附属第一医院泌尿外科	2	0	0.0	0.0
5	徐争光	暨南大学附属第一医院泌尿外科	1	0	0.0	0.0