蛋白质-RNA序列结构界面偏好性及用于对接打分统计势的构建

• 作者: 刘洋 李春华 陆林
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质-RNA相互作用 分子对接 统计势 界面偏好 二级结构
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 634-644
• 页数: 11页
• 分类号: Q61|Q71
• 语种: 中文
• DOI: 10.16476/j.pibb.2020.0004

摘要

本文对来自PDB (Protein Data Bank)数据库的蛋白质-RNA复合物结构构建了非冗余非核糖体数据库(694个结构),并对此数据库统计了蛋白质和RNA序列及二级结构的界面偏好性.结果发现,蛋白质β折叠、310-helix和RNA未配对核苷酸,尤其是未配对中空间排列不规整的核苷酸,具有显著的界面偏好性.据此,对二级结构进行归类,建立了考虑序列和二级结构信息的60x12氨基酸-核苷酸成对偏好势,并将其作为打分函数用于蛋白质-RNA对接中近天然结构的筛选.结果表明,该60×12统计势的打分成功率为65.77％,优于考虑蛋白质或RNA二级结构信息的统计势,及我们小组之前在251个结构上构建的60×8*统计势.该工作有助于加深对蛋白质-RNA特异性识别的理解,可推动复合物结构预测的进展.