猪蛋白编码基因3'UTR中IRPRE1元件的鉴定及其基因特征分析

• 作者: 付言峰 任守文 方晓敏 曹静 李碧侠 王丽 赵为民 邢菲
• 来源期刊: 湖南农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 猪 蛋白编码基因 3'UTR IRPRE1元件 特征分析
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产
• 页码范围: 336-342
• 页数: 7页
• 分类号: S828.1
• 字数: 3877字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13331/j.cnki.jhau.2020.03.013

摘要

为鉴定猪全基因组范围内蛋白编码基因3'UTR(3'-untranslated region)中反向重复PRE1 (inverted repeated PRE1,IRPRE1)元件,对猪全基因组的22 342个蛋白编码基因的3'UTR序列进行重复序列元件的生物信息学分析.结果 表明:猪蛋白编码基因的3'UTR序列中短散在重复序列与简单重复序列在重复序列的类别中所占比例较高,分别为27.58％与31.08％;在SINE/tRNA的重复元件中,Pre0 SS和PRE1x元件所占的比例较高,分别为41.83％和37.51％;共有1 094个候选蛋白编码基因的3'UTR中含有IRPRE1元件;GO分析发现这些候选基因主要参与mRNA经由剪接体的剪接、细胞分裂、RNA通过酯交换反应发生的剪接、T细胞激活、RNA剪接、T细胞受体信号通路、对糖苷反应、甘油三酯稳态、外源性凋亡信号通路的正调节及胆固醇合成等生物过程;KEGG pathway 分析发现这些候选基因参与了缬草碱、亮氨酸和异亮氨酸降解途径、TNF信号通路、T细胞受体信号通路、RIG-Ⅰ样受体信号通路、吞噬体、剪接体、胆汁分泌、甲状腺激素合成和凋亡;对3个蛋白编码基因的3'UTR中的IRPRE1元件进行鉴定发现,其在多个组织中广泛表达.