鳜肌钙蛋白基因鉴定及其序列结构与表达特征分析

• 作者: 梁旭 张琦 李帅帅 姚晓丽 赵金良
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 鳜 肌钙蛋白基因 骨骼肌 表达特征 蛋白异构型
• 年，卷（期）: 2023,（9）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术与遗传育种
• 页码范围: 132-144
• 页数: 13页
• 语种: 中文

摘要

【目的】探究鳜（Siniperca chuatsi）骨骼肌生长发育中肌钙蛋白基因的表达特征，为鳜生长发育的研究提供基础资料。【方法】基于鳜转录组数据与基因组数据联合分析，筛选鉴定出鳜肌钙蛋白基因，通过BioEdit、ClustalW、MEGA5.0、SWISS-MODEL及SMART等在线软件对鳜肌钙蛋白进行生物信息学分析，并以实时荧光定量PCR检测鳜不同肌肉组织中肌钙蛋白基因的表达特异及孵化后10～60 d(10～60 dph)骨骼肌中肌钙蛋白基因的表达规律。【结果】共鉴定出11个鳜肌钙蛋白基因[3个TnnC基因（TnnC1a、TnnC1b和TnnC2）、5个TnnI基因（TnnI1a、TnnI1b、TnnI1c、TnnI1al和TnnI2）及3个TnnT基因（TnnT1、TnnT2a和TnnT3a）]，各基因亚型间在基因结构、结合位点及蛋白三级结构存在明显差异，11个鳜肌钙蛋白基因分布在4条染色体上。鳜肌钙蛋白基因具有组织特异性：TnnC1a基因在慢肌中高表达，在心肌中的相对表达量次之；TnnC1b基因在慢肌中也呈高表达，除心肌外，TnnC1a和TnnC1b基因在其他类型肌肉组织中具有相似的表达模式；TnnC2基因在快肌和颊肌中高表达；TnnI1a、TnnI1c和TnnI1al基因在慢肌中高表达，且具有相似的表达模式；TnnI1b基因在心肌中高表达，慢肌中的相对表达量次之；TnnI2基因在快肌和颊肌中高表达；TnnT1基因在慢肌中高表达，TnnT2a基因在心肌中高表达，TnnT3a基因在快肌和颊肌中高表达。随着发育时间的推移，TnnC1a、TnnC1b、TnnI1b、TnnI1c、TnnI1al和TnnT1等基因的表达显著下调（P<0.05），但TnnC2、TnnI2和TnnT3a基因在30～60 dph仍维持在相对较高的表达水平。【结论】基于鳜转录组数据与基因组数据联合分析，共鉴定出11个鳜肌钙蛋白基因，其中TnnC2、TnnI2和TnnT3a基因可作为鳜骨骼肌快肌生长发育的重要分子标记基因。