甲状腺乳头状癌颈部淋巴结转移相关基因的生物信息学分析

• 作者: 伍波 侯建忠 樊友本
• 来源期刊: 临床与病理杂志
• 关键词: 甲状腺乳头状癌 颈部淋巴结转移 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 259-264
• 页数: 6页
• 字数: 3248字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3978/j.issn.2095-6959.2020.02.001

摘要

目的:利用生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)颈部淋巴结转移的关键基因.方法:从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共数据平台高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库检索得到PTC的基因芯片GSE60542,使用GEO2R在线分析工具分别筛选PTC和癌旁组织的差异表达基因(差异表达基因集A)以及PTC与颈部淋巴结转移癌组织之间的差异表达基因(差异表达基因集B).进一步筛选出差异表达基因集A和差异表达基因集B交集的差异表达基因集C.通过生物信息学工具David,String,cBioPortal对差异表达基因集C进行生物学功能及其编码蛋白的互作分析,并对差异表达基因集C进行生存分析.结果:通过分析GSE60542芯片数据,一共获得1 086个差异表达基因A、194个差异表达基因B、39个差异表达基因C.基因本体(Gene Ontology,GO)分析显示:差异表达基因集C主要的分子功能与氧化还原酶活性、蛋白质同源二聚化活性、生长因子结合有关;这些基因主要参与细胞增殖、甲状腺激素的产生、神经细胞凋亡过程的负调节、γ-氨基丁酸信号转导途径等生物学过程.通过cBioPortal在线分析网站,初步筛选出对患者生存时间影响较大的基因CCL21.结论:基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析PTC组织、癌旁组织以及颈部淋巴结转移癌组织间差异表达基因,并筛选出PTC颈部淋巴结转移相关的关键基因,为进一步研究PTC颈部淋巴结转移的分子机制提供一定的指导.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	樊友本	上海交通大学附属第六人民医院普外科	125	418	10.0	13.0
2	伍波	上海交通大学附属第六人民医院普外科	54	230	8.0	13.0
3	侯建忠	上海交通大学附属第六人民医院普外科	6	2	1.0	1.0