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基于比较基因组学分析嗜热链球菌的遗传多样性和防御系统
基于比较基因组学分析嗜热链球菌的遗传多样性和防御系统
作者:
孙天松
孙志宏
张和平
王宇
赵洁
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
嗜热链球菌
比较基因组学
遗传多样性
CRISPR-Cas系统
限制修饰系统
摘要:
[目的]嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)是发酵乳制品的基础发酵菌种之一,全基因组水平解析嗜热链球菌的遗传多样性和工业发酵特性对于优良发酵菌株的筛选意义重大.[方法]本研究通过比较基因组学方法对27株嗜热链球菌的遗传多样性和防御系统进行分析.[结果]全基因组分析结果显示嗜热链球菌群体内具有较高的遗传多样性;基于核心基因集构建的系统发育树划分为2个分支,其中分支2菌株缺乏完整的组氨酸合成途径,经验证,分支2菌株在缺乏组氨酸的培养基中不能正常生长.通过对嗜热链球菌不同菌株的防御系统进行分析发现,同类型的CRISPR基因座和限制修饰系统在基因组中出现的位置相对固定.CRISPR-Cas系统(P<0.05,r=0.43)和限制修饰系统(P<0.01,r=-0.59)的数量与编码转座酶基因的数量均显著相关,表明嗜热链球菌为了阻止外源DNA入侵会进化出多种防御系统来保护自身遗传完整性.此外,分支1菌株的CRISPR-Cas系统数量极显著(P<O.001)多于分支2,而限制修饰系统无显著差异,表明分支1菌株在噬菌体抗性方面可能更具优势.[结论]本研究基于核心基因构建的系统发育分析将27株嗜热链球菌分为2个分支,不同分支菌株在组氨酸代谢能力和防御系统方面有一定差异.该研究结果为今后快速筛选优良嗜热链球菌发酵剂提供了新思路.
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文献信息
篇名
基于比较基因组学分析嗜热链球菌的遗传多样性和防御系统
来源期刊
微生物学报
学科
关键词
嗜热链球菌
比较基因组学
遗传多样性
CRISPR-Cas系统
限制修饰系统
年,卷(期)
2020,(5)
所属期刊栏目
研究报告
研究方向
页码范围
924-938
页数
15页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.13343/j.cnki.wsxb.20190368
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
孙志宏
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室农业农村部奶制品加工重点实验室
44
348
9.0
17.0
2
孙天松
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室农业农村部奶制品加工重点实验室
47
363
11.0
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3
王宇
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室农业农村部奶制品加工重点实验室
48
227
10.0
13.0
4
赵洁
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室农业农村部奶制品加工重点实验室
12
100
5.0
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二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
嗜热链球菌
比较基因组学
遗传多样性
CRISPR-Cas系统
限制修饰系统
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
微生物学报
主办单位:
中国科学院微生物研究所
中国微生物学会
出版周期:
月刊
ISSN:
0001-6209
CN:
11-1995/Q
开本:
大16开
出版地:
北京朝阳区北辰西路1号中科院微生物所内
邮发代号:
2-504
创刊时间:
1953
语种:
chi
出版文献量(篇)
4459
总下载数(次)
15
总被引数(次)
53416
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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