基于16S rRNA基因高通量测序方法分析多花黄精内生细菌群落结构及多样性

• 作者: 刘浩 劳嘉 张水寒 王勇庆 蔡媛 谢景 贺炜 黄建华
• 来源期刊: 湖南中医药大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 多花黄精 16SrRNA 内生细菌 多样性 群落结构
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 中药制剂与分析
• 页码范围: 846-852
• 页数: 7页
• 分类号: R284.1
• 字数: 4088字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-070X.2020.07.013

摘要

目的 采用高通量测序技术分析多花黄精内生细菌的多样性及菌群结构.方法 通过蒽酮-硫酸法测定多糖含量,采用通用引物对细菌16S rRNA高可变区(V3-V4区)进行PCR扩增,运用Illumina Miseq PE250高通量测序技术对扩增子进行测序,并用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析.通过Spearman相关性分析菌群与多糖含量的相关性.结果 多花黄精内生菌测序共获得90628条有效序列和5287个OTU,稀释曲线和Coverage指数反映测序结果 比较全面地覆盖了多花黄精内生细菌群落.Alpha多样性分析表明,其内生细菌多样性程度高.在门水平,其优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacte-ria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria).属水平,核心菌群由鞘氨醇单胞菌属(Sph-ingomonas)、芽单胞菌属(Gemmatimonas)、链霉菌属(Streptomyces)组成.PICRUSt基因预测表明,多花黄精内生细菌以代谢功能为主,主要包括能量代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢等.通过Spearman相关性分析,在属水平共得到19个菌群与多糖含量相关,其中3个属呈正相关,16个属菌群呈负相关.结论 多花黄精内生细菌的多样性程度高,存在多种不同种类的细菌,且菌群与多糖含量相关.该研究解析了多花黄精内生细菌的多样性、丰度及主要菌属,对深入研究多花黄精内环境有一定指导意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	贺炜		4	1	1.0	1.0
2	蔡媛	湖南省中医药研究院中药研究所	6	6	1.0	2.0
3	刘浩	湖南省中医药研究院中药研究所	12	25	3.0	4.0
4	王勇庆	湖南省中医药研究院中药研究所	4	5	1.0	2.0
5	谢景	湖南省中医药研究院中药研究所	2	0	0.0	0.0
6	黄建华	湖南省中医药研究院中药研究所	7	3	1.0	1.0
7	劳嘉		3	1	1.0	1.0