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基于生物信息学研究肝癌发生相关基因及其功能
基于生物信息学研究肝癌发生相关基因及其功能
作者:
侍琳
冯彦超
冷政伟
吴妮莎
周国俊
应伟
李文菠
雷蕾
黄理政
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
癌,肝细胞
生物信息学
基因
摘要:
目的 基于生物信息学探讨肝细胞癌(肝癌)发生相关基因及其功能.方法 从公共基因数据库GEO筛选并下载肝癌组织及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具和Venn图网站筛选出差异表达基因(DEGs).对筛选出来的DEGs在DAVID网站进行基因本体(GO)功能分析和KEGG通路富集分析,再用STRING网站及Cytscape软件进行蛋白-蛋白相互作用网络分析并筛选出核心DEGs,最后将核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析,筛选出与预后相关的DEGs.将与预后相关且在肝癌组织中高表达的DEGs经metascape网站进行GO功能及KEGG通路富集分析,分析与肝癌发生、发展相关的重要基因及其功能.结果 从3个基因芯片GSE60502、GSE14520、GSE45267共筛选出DEGs 124个.GO功能、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytscape软件分析后筛选出22个核心DEGs,11个基因与肝癌预后相关,其中9个基因在肝癌组织中高表达,包括GINS1、AURKA、NUSAP1、TOP2A、ASPM、RRM2、PRC1、RACGAP1、GMNN.metascape网站及KEGG通路富集分析发现,高表达基因涉及细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变.结论 基于生物信息学分析发现9个基因是肝细胞癌发生、发展的重要基因,参与细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变过程.
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篇名
基于生物信息学研究肝癌发生相关基因及其功能
来源期刊
中华肝脏外科手术学电子杂志
学科
关键词
癌,肝细胞
生物信息学
基因
年,卷(期)
2020,(5)
所属期刊栏目
基础研究
研究方向
页码范围
488-492
页数
5页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.3877/cma.j.issn.2095-3232.2020.05.021
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癌,肝细胞
生物信息学
基因
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
中华肝脏外科手术学电子杂志
主办单位:
中华医学会
出版周期:
双月刊
ISSN:
2095-3232
CN:
11-9322/R
开本:
16开
出版地:
广州市天河路600号
邮发代号:
44-113
创刊时间:
2012
语种:
chi
出版文献量(篇)
1042
总下载数(次)
3
总被引数(次)
2925
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