基于生物信息学研究肝癌发生相关基因及其功能

• 作者: 侍琳 冯彦超 冷政伟 吴妮莎 周国俊 应伟 李文菠 雷蕾 黄理政
• 来源期刊: 中华肝脏外科手术学电子杂志
• 关键词: 癌,肝细胞 生物信息学 基因
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 488-492
• 页数: 5页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3877/cma.j.issn.2095-3232.2020.05.021

摘要

目的 基于生物信息学探讨肝细胞癌(肝癌)发生相关基因及其功能.方法 从公共基因数据库GEO筛选并下载肝癌组织及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具和Venn图网站筛选出差异表达基因(DEGs).对筛选出来的DEGs在DAVID网站进行基因本体(GO)功能分析和KEGG通路富集分析,再用STRING网站及Cytscape软件进行蛋白-蛋白相互作用网络分析并筛选出核心DEGs,最后将核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析,筛选出与预后相关的DEGs.将与预后相关且在肝癌组织中高表达的DEGs经metascape网站进行GO功能及KEGG通路富集分析,分析与肝癌发生、发展相关的重要基因及其功能.结果 从3个基因芯片GSE60502、GSE14520、GSE45267共筛选出DEGs 124个.GO功能、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytscape软件分析后筛选出22个核心DEGs,11个基因与肝癌预后相关,其中9个基因在肝癌组织中高表达,包括GINS1、AURKA、NUSAP1、TOP2A、ASPM、RRM2、PRC1、RACGAP1、GMNN.metascape网站及KEGG通路富集分析发现,高表达基因涉及细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变.结论 基于生物信息学分析发现9个基因是肝细胞癌发生、发展的重要基因,参与细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变过程.