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摘要:
目的 基于生物信息学探讨肝细胞癌(肝癌)发生相关基因及其功能.方法 从公共基因数据库GEO筛选并下载肝癌组织及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具和Venn图网站筛选出差异表达基因(DEGs).对筛选出来的DEGs在DAVID网站进行基因本体(GO)功能分析和KEGG通路富集分析,再用STRING网站及Cytscape软件进行蛋白-蛋白相互作用网络分析并筛选出核心DEGs,最后将核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析,筛选出与预后相关的DEGs.将与预后相关且在肝癌组织中高表达的DEGs经metascape网站进行GO功能及KEGG通路富集分析,分析与肝癌发生、发展相关的重要基因及其功能.结果 从3个基因芯片GSE60502、GSE14520、GSE45267共筛选出DEGs 124个.GO功能、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytscape软件分析后筛选出22个核心DEGs,11个基因与肝癌预后相关,其中9个基因在肝癌组织中高表达,包括GINS1、AURKA、NUSAP1、TOP2A、ASPM、RRM2、PRC1、RACGAP1、GMNN.metascape网站及KEGG通路富集分析发现,高表达基因涉及细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变.结论 基于生物信息学分析发现9个基因是肝细胞癌发生、发展的重要基因,参与细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变过程.
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文献信息
篇名 基于生物信息学研究肝癌发生相关基因及其功能
来源期刊 中华肝脏外科手术学电子杂志 学科
关键词 癌,肝细胞 生物信息学 基因
年,卷(期) 2020,(5) 所属期刊栏目 基础研究
研究方向 页码范围 488-492
页数 5页 分类号
字数 语种 中文
DOI 10.3877/cma.j.issn.2095-3232.2020.05.021
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研究主题发展历程
节点文献
癌,肝细胞
生物信息学
基因
研究起点
研究来源
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研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
中华肝脏外科手术学电子杂志
双月刊
2095-3232
11-9322/R
16开
广州市天河路600号
44-113
2012
chi
出版文献量(篇)
1042
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2925
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