沙冬青属植物叶绿体基因组对比和系统发育分析

• 作者: 张凯 段义忠
• 来源期刊: 西北植物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 沙冬青 矮沙冬青 叶绿体全基因组 系统进化
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1323-1332
• 页数: 10页
• 分类号: Q732|Q789
• 语种: 中文
• DOI: 10.7606/j.issn.1000-4025.2020.08.1323

摘要

该研究以沙冬青和矮沙冬青叶绿体基因组为研究对象,比较分析其基因组结构和系统发育关系.结果 显示:(1)沙冬青和矮沙冬青的叶绿体基因组具有典型的四段式结构,全长为153 935 bp和154 140 bp,其中大单拷贝区(LSC)分别为83 891 bp和84 126 bp,小单拷贝区(SSC)分别为18 022 bp和18 014 bp,以及长度各自为26 011 bp和26 000 bp的成对反向重复区(IRs);沙冬青和矮沙冬青均注释130个基因,包括85个蛋白编码基因(PCGs),37个转运RNA (tRNA)以及8个核糖体RNA (rRNA).(2)沙冬青和矮沙冬青的叶绿体基因组中分别检测出26和15个回文重复序列,39和50个串联重复序列,23和34个散在重复序列.同时都鉴定出96个SSRs位点,包括74和73个单核苷酸重复,5和6个二核苷酸重复,以及各有17个复合SSR位点;边界分析显示两者IR区相似,但仍有一定差异.(3)通过近邻结合法(NJ)对沙冬青和矮沙冬青在内的17种蝶形花亚科以及2种云实亚科植物的叶绿体基因组构建的系统发育树显示,沙冬青和矮沙冬青以较高的支持率聚为一个独立分枝.该研究结果为沙冬青属的种间鉴别、SSR分子标记开发、保育工作、种群动态以及进一步研究坡塔里族的演化过程奠定了理论基础.