黑羽番鸭CAPN1基因的克隆及生物信息学分析

• 作者: 刘小林 张慧林 李浩 胡志刚 陈强
• 来源期刊: 中国畜牧杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 黑羽番鸭 CAPN1基因 克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 177-183
• 页数: 7页
• 分类号: S834.2
• 字数: 4625字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19556/j.0258-7033.20200501-01

摘要

本实验旨在对黑羽番鸭CAPN1基因进行克隆和生物信息学分析,以期为改善番鸭肌肉嫩度提供参考.选取黑羽番鸭为研究对象,采集腿肌组织,提取RNA,反转录为cDNA,通过同源重组方法克隆CAPN1基因的编码区序列并进行生物信息学分析.结果 显示:黑羽番鸭CAPN1基因编码区序列长度为2 148 bp,编码715个氨基酸;与鸭、鸡、雉鸡、人、猪、牛、绵羊、马的序列进行同源性比较,显示核苷酸序列的同源性分别为98.70％、87.29％、86.11％、81.89％、81.62％、81.18％、81.04％、81.27％,氨基酸序列的同源性分别为99.30％、91.47％、90.63％、83.22％、83.64％、83.10％、82.96％、83.36％.系统进化分析结果与传统分类学结果一致.理化性质分析表明CAPN1蛋白相对分子质量为81 368.72 ku,理论等电点为5.82,亮氨酸使用频率最高,组氨酸使用频率最低,属于稳定性、亲水性蛋白;存在2个跨膜螺旋区,无信号肽剪切位点,主要分布于细胞质中.修饰结构分析表明,该蛋白存在59个潜在的磷酸化位点,9个O-糖基化位点和3个N-糖基化位点;二级结构中α-螺旋占比最高,β-转角占比最低;包含3个结构域;最后对CAPN1蛋白的三级结构进行了建模,模型可信度较高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘小林	西北农林科技大学动物科技学院	120	1293	18.0	31.0
2	张慧林	西北农林科技大学动物科技学院	28	236	11.0	14.0
3	李浩	西北农林科技大学动物科技学院	12	17	3.0	3.0
4	胡志刚	西北农林科技大学动物科技学院	5	7	2.0	2.0