百合科植物psbA基因密码子偏好性分析

• 作者: 倪典墨 周嘉裕 廖海 李冉郡 郭忠静 高玲玲
• 来源期刊: 生物学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 密码子偏好性 聚类分析 百合科 psbA基因
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 68-72
• 页数: 5页
• 分类号: Q943.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1736.2020.06.068

摘要

利用CodonW、CHIPS与CUPS等程序对60种百合科植物psbA基因的密码子偏好性展开分析,结果发现有26种密码子具有偏好性,其中12个极强,10个密码子在psbA中出现率极低,13个密码子没有出现.ENc平均值为37.84,显示出密码子偏好性较弱.GC和GC3s平均值分别为42.5％和48.0％,表明密码子组成偏向A与U碱基,且倾向于以A/U结尾.CAI的平均值为0.218,说明密码子的表达水平偏低.ENc-plot表明密码子偏好性主要受到自然选择的影响.聚类分析表明,基于CDS序列的聚类比基于RSCU更适合作为百合科植物系统发育分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	廖海		56	197	9.0	11.0
2	周嘉裕		54	196	9.0	11.0
3	倪典墨		2	0	0.0	0.0
4	李冉郡		1	0	0.0	0.0
5	郭忠静		2	0	0.0	0.0
6	高玲玲		1	0	0.0	0.0