miR-125a-5p在视神经炎患者PBMC中的表达及其生物信息学分析

• 作者: 何剑峰 战家霖 杜毅 梁巧雯 黄艳玲
• 来源期刊: 广西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 视神经炎 miR-125a-5p miR-145-3p miR-145-5p 生物信息学 靶基因
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 621-627
• 页数: 7页
• 分类号: R774.6+1
• 字数: 4212字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2020.04.011

摘要

目的:探讨miR-125a-5p、miR-145-3p和miR-145-5p在视神经炎(ON)患者外周血单个核细胞(PBMC)中的表达水平,并采用生物信息学方法分析差异表达的microRNA在ON发病过程中的分子调控网络.方法:收集ON患者5例(ON组)及同期体检健康者5例(对照组),应用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法检测PBMC中miR-125a-5p、miR-145-3p和miR-145-5p的表达水平.应用miRNAbase数据库分析miR-125a-5p在不同物种间的保守性.应用TargetScan数据库、PicTar数据库、miRanda数据库及miRDB数据库预测hsa-miR-125a-5p交集靶基因;应用DAVID数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行GO功能富集分析;应用KOBAS数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行KEGG信号通路富集分析;应用STRING 数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析.结果:ON组PBMC中miR-125a-5p表达水平(1.086×10-3±0.692×10-3)显著低于对照组(4.468×10-3±2.322×10-3) (P＜0.05),两组miR-145-3p和miR-145-5p表达比较,均未见明显差异(P＞0.05);miR-125a-5p成熟序列在不同物种间具有高度保守性;hsa-miR-125a-5p潜在交集靶基因有78个;GO富集结果显示,hsa-miR-125a-5p靶基因功能主要富集于nucleus、nucleoplasm、membrane等14个生物学过程;KEGG通路结果显示,hsa-miR-125a-5p靶基因主要富集于MicroRNAs in cancer、PI3K-Akt signaling pathway等17条信号通路;PPI网络结果显示,hsa-miR-125a-5p靶基因主要作用于DICER1等72种蛋白.结论:ON患者PBMC中hsa-miR-125a-5p 表达水平升高,其可能在多条信号通路中发挥作用,参与ON的发病过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何剑峰	广西医科大学第一附属医院眼科	55	157	7.0	9.0
2	黄艳玲	广西医科大学第一附属医院眼科	3	7	1.0	2.0
3	战家霖	广西医科大学第一附属医院眼科	2	0	0.0	0.0
4	梁巧雯	广西医科大学第一附属医院眼科	1	0	0.0	0.0
5	杜毅	广西医科大学第一附属医院眼科	4	3	1.0	1.0