南瓜生长素响应因子(ARF)基因家族的全基因组分析及表达分析

• 作者: 袁敬平 申长卫 陈碧华 李新峥
• 来源期刊: 植物生理学报
• 关键词: 南瓜 生长素响应因子 基因复制 顺式作用元件
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 研究报告|Original Papers
• 页码范围: 2383-2396
• 页数: 14页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13592/j.cnki.ppj.2020.0280

摘要

为研究南瓜(Cucurbita moschata)生长素响应因子(ARF)基因家族,利用生物信息学工具分析南瓜RF(CmARF)基因数目、在染色体上的分布、结构以及编码蛋白保守结构、基序、顺式作用元件,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析CmARF的组织表达模式.共鉴定出32个CmARF成员,根据其氨基酸序列的一致性将其分为7个亚族(I?VII),同一亚族的ARF通常表现出相似的基因结构(外显子-内含子分布)和保守结构域.染色体定位分析表明,32个CmARF在21条染色体中的15条存在不均匀分布;其中16个CmARF形成8个重复的基因对,且都经历了片段复制事件.CmARF在根、茎、子叶和真叶中的表达特征表明,其具有组织特异性.顺式作用元件分析表明,一些关键CmARF可能参与对脱落酸、茉莉酸甲酯、生长素、水杨酸等的响应.所有CmARF均含有保守的DBD和MR结构域,部分CmARF还含有CTD结构域.CmARF基因的结构与进化时间相关,且CmARF的扩张是由于基因的片段复制事件造成的.本研究为阐明CmARF的功能和作用机理提供理论基础.