大斑芫菁转录组编码序列密码子使用偏好性分析

• 作者: 刘春雷 刘燕琴 曹敏 陈强 陈艾萌
• 来源期刊: 中国中医药信息杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 大斑芫菁 转录组 密码子偏好性 最优密码子
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 所属期刊栏目: 中药研究与开发
• 页码范围: 64-68
• 页数: 5页
• 分类号: R282.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.19879/j.cnki.1005-5304.202002103

摘要

目的 探讨大斑芫菁转录组编码序列的密码子使用特点及其影响因素,为运用基因工程技术实现斑蝥素异源生物合成提供依据.方法 利用Codon W和EMBOSS软件分析10264条大斑芫菁转录组编码序列的密码子使用模式.结果 大斑芫菁转录组编码序列的平均GC、GC3含量分别为0.387、0.321,GC12与GC3呈显著正相关(r=0.369,P<0.001);ENc-GC3及偏倚性分析结果显示,大部分基因分布于标准曲线和平面中心点周围,有少部分基因偏离较远.通过基因高表达优越密码子方法确定了6个大斑芫菁最优密码子,分别为GCC、CGC、GGC、AUC、UUC、ACC.密码子使用频率分析结果显示,大斑芫菁与果蝇整体密码子使用偏好性差异最大,与酵母菌的差异最小.结论 大斑芫菁转录组编码序列的密码子使用偏好性以突变影响为主,多种因素共同作用的结果.酵母菌可作为大斑芫菁目的基因异源转化的理想受体系统.