胆道闭锁差异基因表达谱挖掘和生物信息学分析

• 作者: 刘韵韵 吕慧页 张洁 梁妙珍 綦向军 许华 陈国铭 陈腾宇 鲁嘉欣 黄楚瑶
• 来源期刊: 中国临床药理学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 胆道闭锁 生物信息学 差异基因 数据挖掘
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 读者园地
• 页码范围: 863-865,869
• 页数: 4页
• 分类号: R97
• 字数: 1940字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13699/j.cnki.1001-6821.2020.07.039

摘要

目的 通过生物信息学方法挖掘胆道闭锁(BA)的关键差异基因,并进一步探究其发病机制.方法 从基因表达综合数据库(GEO)中下载胆道闭锁相关基因芯片数据集,并用GEO2R分析工具筛选出正常组织与BA的差异表达基因.通过DAVID V6.8数据库富集分析BA差异基因的生物学过程、细胞组分、分子功能以及信号通路,以探讨BA发病过程中差异表达基因主要涉及的生理病理机制.用STRING V10.5数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络以分析差异表达蛋白之间的相互作用关系.结果 经筛选后发现胆道闭锁基因测序集GSE46960包含103个差异表达基因,其中有65个为上调基因,38个下调基因.基因本体(GO)富集分析表明:BA差异表达基因主要涉及细胞对氨基酸刺激的反应、正向调控趋化单核细胞、细胞黏附、氧化还原过程和急性时相反应等生物过程;分子功能主要参与细胞外基质的结构组成以及RNA聚合酶Ⅱ核心启动子的转录因子活性,参与氧化还原酶反应;细胞成分涉及细胞外基质、顶端质膜、高密度脂蛋白粒子等.经基因和基因组的京都百科全书数据库(KEGG)富集的差异表达基因信号通路包括Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、磷脂酰肌醇激酶3-蛋白激酶B信号通路和代谢通路.PPI网络图显示BA的关键致病基因包括乙醛氧化酶1、Ⅲ型胶原α1、胰岛素样生长因子-1等.结论 生物信息学可以有效筛选与预测BA的关键差异基因和发病机制,其中部分结果已得到实验证实,验证了该方法的正确性,未经实验证实的差异基因可能是BA发病机制中新的研究靶点.