基于生物信息学的胃癌预后基因的筛选和分析

• 作者: 李凡 焦作义 程晓成 肖竞英
• 来源期刊: 医学研究杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 胃癌 生物信息学 差异表达基因 预后 靶点
• 年，卷（期）: 2020,（12）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 87-93
• 页数: 7页
• 分类号: R318.04
• 语种: 中文
• DOI: 10.11969/j.issn.1673-548X.2020.12.022

摘要

目的 应用生物信息学方法筛选和分析胃癌预后基因.方法 从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据集GSE54129、GSE81948、GSE118916,使用在线分析工具GEO2R筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).利用在线数据库DAVID对筛选的DEGs进行功能和通路富集分析.然后使用在线网站STRING和Cytoscape软件对DEGs构建蛋白互作网络,并筛选hub基因.最后使用Kaplan Meier-Plotter和GEPIA在线数据库对hub基因进行生存和表达水平分析.结果本研究共发现362个总DEGs,包含164个上调基因,192个下调基因.通过GO功能富集分析,发现DEGs主要富集在细胞外基质和胶原蛋白.KEGG富集通路分析显示,DEGs主要参与的信号通路包括ECM-受体相互作用、阿米巴病、蛋白质的消化和吸收、局部黏附和PI3 K-Akt信号通路.CytoHubba插件共筛选出10个DEGs作为hub基因,通过Kaplan Meier-Plotter数据库验证这10个hub基因,发现COL1A1、COL3A1、FN1、MMP2、COL5A1、BGN、COL4A1、COL4A2和COL6A3这9个基因和胃癌预后相关,并且高表达组预后差(P<0.05);GEPIA数据库发现这9个与胃癌预后相关的基因在胃癌组织中均呈高表达水平(P<0.05).结论 通过生物信息学方法,本研究发现了 9 个胃癌预后基因,其中 BGN、COL3A1 和 COL5A1 这 3 个基因可能成为胃癌预后的新的标志物.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	焦作义		77	278	10.0	13.0
2	程晓成		6	0	0.0	0.0
3	李凡		10	14	2.0	3.0
4	肖竞英		6	0	0.0	0.0