通过生物信息学分析确定结直肠癌肝转移的枢纽基因

• 作者: 冯雁 刘义 朱亚珍 林源 韦成江
• 来源期刊: 世界最新医学信息文摘（连续型电子期刊）
• 学科: 医学
• 关键词: WGCNA 结直肠癌 肝转移 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（24）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 188-191
• 页数: 4页
• 分类号: R574.62
• 字数: 3284字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-3141.2020.24.095

摘要

目的 结直肠癌(CRC)是全球高发的恶性肿瘤.结直肠癌最常见的转移部位是肝脏,也是结直肠癌患者死亡的主要危险因素,而结直肠癌肝转移的机制尚不清楚.本研究通过WGCNA方法筛选结直肠癌肝转移发生的关键基因,分析结直肠癌肝转移的可能机制.方法 从GEO数据库获取到包含结直肠癌原发灶和肝转移灶的基因芯片原始数据,通过R语言进行预处理后构建加权基因共表达网络(WGCNA),并筛选重要模块进行基因功能富集,进一步通过蛋白-蛋白互做网络(protein-protein interaction, PPI)筛选关键基因.结果 共表达网络构建后,筛选出与肝转移最相关的基因模块,结合PPI网络分析,筛选出10个与肠癌肝转移发生相关的枢纽基因,并且发现枢纽基因在肝转移灶中均高表达(P＜0.001).通过绘制ROC曲线发现枢纽基因均有效区分原发灶和肝转移灶,AUC均大于0.8.通过GO与KEGG功能富集分析结果显示,红色模块内基因主要富集在补体、凝血级联通路和代谢相关生物学过程和通路.结论 通过生物信息学分析发现了CRC肝转移的关键候选基因,这可能有助于进一步了解CRC肝转移的分子机制.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘义	广西医科大学附属肿瘤医院胃肠外科	32	430	14.0	20.0
2	冯雁	广西医科大学附属肿瘤医院实验研究部	14	26	3.0	4.0
3	林源	广西医科大学附属肿瘤医院胃肠外科	84	464	11.0	17.0
4	朱亚珍	广西医科大学附属肿瘤医院胃肠外科	1	0	0.0	0.0
5	韦成江	广西医科大学附属肿瘤医院胃肠外科	1	0	0.0	0.0