基于Linux平台构建单细胞转录组病毒信息分析系统

• 作者: 陆庭希 侯晨阳 谢兴 胡艳玲
• 来源期刊: 广西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: linux python 单细胞 病毒信息 测序数据
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 69-75
• 页数: 7页
• 分类号: R374
• 语种: 中文
• DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2021.01.011

摘要

目的:通过设计构建基于Linux平台的单细胞转录组病毒信息分析系统,以满足整合多个分析软件,快速分析和利用大规模单细胞转录组测序数据.方法:采用Linux作为组合框架平台,利用计算机程序设计语言Python3来编写自动化脚本,结合sra-tools、Bamtofastq-1.2.0、Cellranger、BBmap、BLAST、Kraken2、Bracken和camtools等生物分析软件以及R语言构建单细胞转录组分析系统.结果:该系统可以完成测序数据标准化转换、宿主序列的去除、病毒序列的提取以及确认比对物种所在的细胞种类.与传统测序数据分析模式相比,该病毒分析系统可以识别特定病毒序列并揭示细胞之间基因表达的异质性,大大加速了对大规模测序数据的分析和利用.结论:采用自主开发的单细胞转录组病毒分析系统成功分析多组单细胞转录组数据,得到分析设计所设定获取的各项病毒相关信息,分析结果质量良好.