藜麦叶片响应低氮胁迫基因的可变剪接事件分析

• 作者: 杨利艳 杨小兰 朱满喜 张玉荣 杨雅舒 王创云
• 来源期刊: 湖南师范大学自然科学学报
• 关键词: 藜麦 低氮 可变剪接事件
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 页码范围: 41-46
• 页数: 6页
• 分类号: S519
• 语种: 中文
• DOI: 10.7612/j.issn.2096-5281.2021.01.005

摘要

缺氮环境对藜麦生长不利,为鉴定和分析藜麦响应低氮的可变剪接基因,采用Illimina Hiseq?分别对低氮处理(氮浓度:1.42 mmol·L-1)的藜麦叶片和对照组(氮浓度:7.1 mmol·L-1)藜麦叶片的转录组进行测序.结果表明,对照组(CK)中26 094个基因发生可变剪接事件68 764个,低氮处理组(LN)中25 562个基因发生可变剪接事件66 611个.两组处理的可变剪接事件均以第一个外显子可变剪切(TSS)和最后一个外显子可变剪切(TTS)两种类型为主.对比两组发生可变剪接的基因发现LN组中有1 041个新基因发生可变剪接,存在147个显著差异表达基因.GO功能富集分析表明,发生可变剪接的差异基因主要富集于代谢过程、刺激反应、转移酶活性及水解酶活性等功能上.KEGG通路分析表明,可变剪接差异基因显著富集到DNA复制、异源末端链接、抗坏血酸和醛酸代谢、错配修复系统等通路上,表明这些差异可变剪接基因参与了藜麦低氮胁迫的响应.