基于RNA-seq数据分析玉米抗虫响应基因的可变剪接事件

• 作者: 张丽光 张玉荣 杨利艳 杨雅舒 王创云 王美霞 赵丽 陈保国
• 来源期刊: 河南农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 玉米 可变剪接 抗虫 RNA-seq
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 作物科学
• 页码范围: 181-188
• 页数: 8页
• 分类号: S513
• 字数: 4737字
• 语种: 中文

摘要

采用Illumina HiseqTM分别对黏虫取食的玉米叶片及对照组材料进行转录组测序,鉴定和分析响应黏虫取食基因的可变剪接事件.结果表明,对照组中鉴定出15701个基因对应79363个可变剪接事件,黏虫取食组中鉴定到11791个基因的39385个可变剪接事件.2组玉米基因组在不同的可变剪接类型中,均是以第1个外显子可变剪切、最后1个外显子可变剪切、单内含子滞留和可变5′或3′端剪切4种类型为主.对2组发生可变剪接事件的基因进行比对发现,黏虫处理组新增加了1121个可变剪接基因,差异表达分析鉴定出177个表达显著差异的可变剪接基因.GO功能富集分析表明,发生可变剪接的差异基因主要富集于氧化还原酶活性、转移酶活性、DNA结合、ATP结合、代谢过程、以DNA为模板的转录及调控相关的功能,表明这些可变剪接差异表达基因参与了玉米的抗虫响应过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈保国	山西省农业科学院作物科学研究所	17	123	6.0	11.0
2	杨利艳	山西师范大学生命科学学院	28	136	8.0	11.0
3	王美霞	山西省农业科学院作物科学研究所	12	63	3.0	7.0
4	赵丽	山西省农业科学院作物科学研究所	13	66	5.0	8.0
5	张丽光	山西省农业科学院作物科学研究所	13	51	5.0	7.0
6	杨雅舒	山西师范大学生命科学学院	3	0	0.0	0.0
7	张玉荣	山西师范大学生命科学学院	2	0	0.0	0.0