基于RNA-seq分析黄曲霉毒素B1诱导大鼠肝癌的可变剪接事件

• 作者: 曹骥 杨春 欧超 谭妮 郑海平
• 来源期刊: 中国癌症防治杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肝肿瘤 RNA-seq 黄曲霉毒素 可变剪接 动物模型
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 356-360
• 页数: 5页
• 分类号: R735.7
• 字数: 2956字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-5671.2018.05.03

摘要

目的 探讨黄曲霉毒素B1(aflatoxin B1,AFB1)诱发大鼠致肝癌的可能机制及其阻断肝癌分子机制的可变剪接事件.方法 构建AFB1诱发大鼠致肝癌模型,提取大鼠肝组织总RNA,采用Illumina HiSeq 2000测序平台对大鼠肝组织进行RNA-seq测序,以大鼠基因组数据为参考,纳入目前已知的具有多种可变剪接存在的332个参考基因,鉴定和分析大鼠基因组的可变剪接基因,并对具有差异表达的可变剪接基因进行GO分类的生物过程(biological process,BP)富集分析.结果 RNA-seq测序结果显示,未成癌组与对照组有18个基因的可变剪接模式存在较大差异,差异基因主要富集在刺激反应功能上;成癌组与对照组有37个基因的可变剪接模式存在差异,差异基因主要富集在刺激反应和细胞增殖调节功能上;成癌组与未成癌组有32个基因的可变剪接模式存在明显差异,差异基因主要富集在细胞增殖调节功能上.成癌组发现7个与细胞增殖调节相关基因的可变剪接模式发生异常,其中成癌组、未成癌组和对照组IgfI、Carm1、Tcfe2a基因的可变剪接模式存在显著差异.结论 IgfI、Carm1、Tcfe2a基因的可变剪接改变可能在AFB1诱导大鼠肝癌形成过程中发挥重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑海平	广西医科大学第一附属医院肿瘤内科	10	57	6.0	7.0
2	曹骥	南宁广西医科大学附属肿瘤医院实验研究部	3	3	1.0	1.0
3	欧超	南宁广西医科大学附属肿瘤医院临床检验科	4	10	2.0	3.0
4	谭妮	南宁广西医科大学附属肿瘤医院临床检验科	1	1	1.0	1.0
5	杨春	南宁广西医科大学附属肿瘤医院实验研究部	2	8	1.0	2.0