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龙眼miR167家族分子特性及其潜在靶标在体胚发生早期的表达模式
龙眼miR167家族分子特性及其潜在靶标在体胚发生早期的表达模式
作者:
王静宇
申序
陈晓慧
徐小萍
张舒婷
苏立遥
林玉玲
赖钟雄
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
龙眼
miR167家族
体胚发生早期
qPCR
靶基因
ARF6/8
摘要:
为了解miR167家族成员的分子特性及其可能互作的靶标在龙眼体胚发生早期的调控机制,采用生物信息学分析方法进行龙眼miR167基因家族序列分析、二级结构预测、分子进化树分析、靶基因预测及其靶标特异表达的FPKM值分析,并采用实时荧光定量PCR技术(quantitave real-time PCR,qPCR)检测miR167家族在体胚发生早期的转录水平.结果显示,龙眼miR167前体序列存在一个长为20 nt的重叠区域,miR167b的中间序列区域和3'端与此区域存在多个碱基差异;龙眼miR167前体成员均能形成茎环结构,且最小折叠自由能介于-79.95--46.90 Kal/mol之间;分子进化树显示龙眼miR167前体成员分别与番木瓜(Carica papaya)、番茄(Solanum lycopersicum)、高粱(Sorghum bicolor)和大豆(Glycine max)亲缘关系最近,miR167a、c、d、f在成熟体进化树中聚于同一支,靶标预测结果显示它们可能调控6个相同的靶基因,即E3泛素连接酶BIG BROTHER(BB)、AIRP2,MYB转录因子和生长素应答因子(ARF6、ARF8、ARF6-3),miR167b则单独分布于另一支中,并可能调控2个特异靶标,即赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1(LSD1)和细胞周期素(cyclin-C1-2-like);qPCR结果显示dlo-miR167a、c、d的表达均呈上调趋势,dlo-miR167d、f在3个阶段的表达水平较低;FPKM值显示ARF6/8、BB在体胚发生早期的表达模式与dlo-miR167a、c、d趋于一致,与AIRP2呈负相关.本研究表明在体胚发生早期ARF6/8和BB可能不受龙眼miR167的靶向调控,miR167可能通过靶向AIRP2参与早期体胚发生的形态建成,提示龙眼miR167基因功能的协同性和独立性并存.
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篇名
龙眼miR167家族分子特性及其潜在靶标在体胚发生早期的表达模式
来源期刊
应用与环境生物学报
学科
关键词
龙眼
miR167家族
体胚发生早期
qPCR
靶基因
ARF6/8
年,卷(期)
2021,(1)
所属期刊栏目
研究论文
研究方向
页码范围
146-157
页数
12页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.19675/j.cnki.1006-687x.2020.01049
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龙眼
miR167家族
体胚发生早期
qPCR
靶基因
ARF6/8
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研究来源
研究分支
研究去脉
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相关学者/机构
期刊影响力
应用与环境生物学报
主办单位:
中国科学院成都生物研究所
出版周期:
双月刊
ISSN:
1006-687X
CN:
51-1482/Q
开本:
大16开
出版地:
成都市人民南路4段9号
邮发代号:
62-15
创刊时间:
1995
语种:
chi
出版文献量(篇)
3881
总下载数(次)
7
总被引数(次)
69679
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