基于TCGA SpliceSeq数据库可变剪接事件构建结肠癌患者预后风险模型

• 作者: 雷鸣 郭萌月 王若颖 倪小梅 石琼
• 来源期刊: 检验医学
• 学科: 医学
• 关键词: 结肠癌 可变剪接事件 剪接因子 预后
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 临床应用研究·论著
• 页码范围: 60-68
• 页数: 9页
• 分类号: R446.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-8640.2021.01.013

摘要

目的 通过全基因组分析构建预后风险模型,预测结肠癌(COAD)患者预后.方法 从癌症基因组计划(TCGA)数据库中下载COAD患者RNA-seq数据和临床信息;从TCGA SpliceSeq数据库下载7种类型的可变剪接事件;剪接因子(SF)数据从SpliceAid 2数据库中下载.用单因素Cox回归分析确定预后相关可变剪接事件(PASE),采用Lasso回归分析筛选变量,多因素Cox回归分析用于计算风险值并构建风险模型.用Cytoscape Reactome FI插件构建互作网络,寻找核心节点;用基因本体(GO)富集和KEGG通路进行基因功能注释和通路分析,Kaplan-Meier和受试者工作特征(ROC)曲线用于PASE风险模型的评估;用SF与其他基因的PASE构建预后相关互作网络.结果 398例COAD患者中共有9085个基因发生了35391次可变剪接事件,有1811个基因发生了2015次PASE.由8个PASE构成的预后风险模型中,以0.919作为最佳临界值将患者分为高风险组和低风险组,2组间比较差异有统计学意义(P<0.001),ROC曲线下面积是0.860(1年生存率).在单因素Cox回归分析中,患者肿瘤浸润、淋巴结转移、远处转移、临床分期、预后风险模型都与患者总体生存时间呈显著负相关(P<0.001).经过多因素调整后,预后风险模型依然与患者总体生存时间呈显著负相关(P<0.001).预后风险模型中,8个PASE与其对应基因mRNA的表达量无相关性(P>0.05).结论 通过TCGA-COAD全基因组分析了PASE对预后的影响,构建了可用于预测COAD预后风险模型.