马铃薯与其野生近缘种叶绿体基因组差异分析

• 作者: 关惜今 朱智国 郑昊吉 严丽君 祝光涛
• 来源期刊: 云南师范大学学报（自然科学版）
• 关键词: 马铃薯 栽培种 野生种 叶绿体基因组
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 马铃薯研究
• 页码范围: 33-40
• 页数: 8页
• 分类号: S532|Q943.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.7699/j.ynnu.ns-2021-044

摘要

叶绿体基因组是植物基因组的重要组成部分,解析马铃薯及其野生近缘种的叶绿体基因组结构差异对理解马铃薯的进化具有重要的意义.选择Solanum fernandezianum、Solanum etuberosum、So-lanum palustre和Solanum phureja进行叶绿体基因组的组装和结构分析.发现它们叶绿体基因组的长度为155283～155492 bp,总GC含量变异较小,为37.86％～37.94％,基因的数目均为113个.通过基因组序列差异比较分析,共鉴定了 725个单核苷酸多态性(SNP)、62个插入和47个缺失.其中,有229个SNP和3个缺失在马铃薯中是独有的,分别落在了 49个和3个基因上.简单重复序列(SSR)分析发现,群体中只存在单核苷酸和二核苷酸的重复,总的变异数目在马铃薯中最少.序列相似性分析结果表明在马铃薯栽培种和野生种之间存在3个差异较大的区域.基于叶绿体全基因组的系统进化树分析发现,三个野生种中S.etuberosum和S.palustre具有更近的亲缘关系.