基于ChIP-seq技术的肺癌细胞DNA碱基损伤热点全基因组分析

• 作者: 李世勋 程燚 戴楠 熊艳丽 李梦侠
• 来源期刊: 第三军医大学学报
• 关键词: 染色质免疫沉淀偶联测序 非小细胞肺癌 DNA碱基损伤 碱基切除修复
• 年，卷（期）: 2021,（7）
• 所属期刊栏目: 基础科学|Basic Medicine
• 页码范围: 575-583
• 页数: 9页
• 分类号: R394-33|R394.3|R734.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.16016/j.1000-5404.202010121

摘要

目的 建立可用于在全基因组水平分析DNA碱基损伤位点分布的方法,利用该方法分析非小细胞肺癌A549细胞株中DNA碱基损伤热点区域的分布规律.方法 利用染色质免疫沉淀偶联测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-seq)技术对A549细胞中与脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶 1(apurinic/apyrimidinic endonuclease 1,APE1)和8-氧鸟嘌呤 DNA 糖化酶 1(8-oxoguanine DNA glycosylase 1,OGG1)蛋白特异结合DNA片段进行序列鉴定,通过生物信息学的方法分析全基因组DNA碱基损伤热点分布规律.结果 APE1和OGG1结合峰主要分布在基因启动子区,比例分别为41.70％和49.26％,APE1和OGG1结合峰于TSS上游2 000 bp区域内分别占比38.80％和39.80％,APE 1与OGG1结合峰具有显著相关性(r=0.636 3,P＜0.01).APE1和OGG1共同结合峰相关基因数有25 038个,其中与肿瘤发生直接相关的有641个.结论 建立在全基因组水平分析DNA碱基损伤位点分布的方法;在非小细胞肺癌细胞中,DNA碱基损伤并非随机分布而主要分布于基因调控功能区,碱基损伤修复蛋白结合相关热点区域与肿瘤发生及肿瘤炎症微环境密切相关.