二叶式主动脉瓣钙化关键基因的生物信息学分析

• 作者: 朱鹏程 张倩 卞金辉 章辉 倪布清 邵永丰
• 来源期刊: 实用临床医药杂志
• 关键词: 二叶式主动脉瓣 钙化 生物信息学分析 蛋白质互作网络 差异基因 关键基因
• 年，卷（期）: 2021,（9）
• 所属期刊栏目: 医工结合研究专题
• 页码范围: 9-13,17
• 页数: 6页
• 分类号: R602|R542.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.7619/jcmp.20211339

摘要

目的 采用生信分析技术探讨二叶式主动脉瓣(BAV)钙化相关的关键基因(hub基因).方法 从Gene Expres-sion Omnibus(GEO)数据库中下载BAV相关的基因表达矩阵及临床数据,应用Perl及R软件筛选出钙化的BAV与正常主动脉瓣的差异基因(DEGs),通过R软件对DEGs进行富集分析,使用Cytoscape构建蛋白质互作(PPI)网络.使用Degree算法计算并取排名前10的DEGs作为hub基因,分别采用miRWalk数据库及FunRich软件预测hub基因对应的microRNA并取交集,构建miRNA-mRNA调控网络.结果 从数据集GSE83453中共筛选出DEGs 126个,其中上调基因85个,下调基因41个.通过PPI网络计算出10个hub基因,并由此预测出12个上游miRNA.结论 BAV瓣膜钙化通路可能与三叶式主动脉瓣瓣膜钙化相似,与其相关的hub基因是SPP1和MMP9.加剧BAV瓣膜病变并导致BAV相关并发症的hub基因可能是THBS2、COL5A2、COL4A1、COL1A1、COL3A1、COL4A2、COL1A2、SERPINE1.