基于exoRBase外泌体数据库结直肠癌竞争性内源RNA网络构建及富集分析

• 作者: 马骞 朱军 蔡梦珊 郝俊 章屹然 陈睿
• 来源期刊: 陕西医学杂志
• 关键词: 结直肠癌 新型诊断标志物 外泌体 竞争性内源RNA 富集分析 液体活检
• 年，卷（期）: 2021,（7）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 797-801
• 页数: 5页
• 分类号: R735.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-7377.2021.07.007

摘要

目的:基于结直肠癌(CRC)患者和正常人血浆外泌体RNA筛选差异性RNA,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并进行富集分析.方法:利用exoRBase数据库中CRC患者和正常人血浆标本外泌体RNA[包括信使RNA(mRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)]表达谱,依据ceRNA假说构建CRC发生相关的ceRNA调控网络,并对网络中mRNA进行基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,探索ceRNA网络的潜在功能.结果:共筛选出125个差异表达的mRNAs(DEmRNAs)、53个差异表达的lncRNAs(DElncRNAs)和81个差异表达的circRNAs(DEcircRNAs),并与其对应的miRNA预测数据构建ceRNA调控网络,再对ceRNA网络的25个共同差异表达mRNA进行富集分析.GO注释富集分析显示,CRC ceRNA网络中的外泌体mRNA与癌症相关通路主要富集在GTP结合蛋白RAN通路.KEGG通路富集分析显示,调控网络中差异表达的mRNAs主要富集于促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和血管内皮生长因子(VEGF)信号通路.结论:本研究确定了CRC发生相关的外泌体RNA并构建了相应的ceRNA调控网络,为进一步研究CRC转移进展提供了分子基础,同时为CRC的早期诊断提供了新型的液体活检生物学标志物.