红脚艾蒿的转录组解析

• 作者: 梅瑜 徐世强 顾艳 孙铭阳 周芳 李静宇 张闻婷 王继华
• 来源期刊: 广东农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 红脚艾 高通量测序 转录本 SSR 基因注释
• 年，卷（期）: 2021,（12）
• 所属期刊栏目: 南药研究|Southern Chinese Herbs Research
• 页码范围: 174-180
• 页数: 7页
• 分类号: S567.23+9
• 语种: 中文
• DOI: 10.16768/j.issn.1004-874X.2021.12.019

摘要

[目的]利用高通量测序技术解析红脚艾(Artemisia rubripes Nakai)的转录组信息特征.[方法]通过高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对红脚艾进行转录组测序,通过Trinity软件de novo组装获得Unigene,并基于序列同源性对Unigene进行功能注释,得到红脚艾的转录组信息.[结果]测序数据经过质控后共获得24126043条高质量的reads,通过de novo组装获得173093个转录本,对组装的转录本去冗余后共获得85991个Unigene,平均长度为616.87 bp,N50为925 bp.共有47216个Unigene在NR、KEGG、COG、KOG、GO数据库获得功能注释,40802个Unigene在NR数据库注释,显示红脚艾与向日葵(Helianthus annuus)的单基因匹配率最高,16846个Unigene被KEGG数据库注释到130条代谢途径中,26171个Unigene被注释到25个KOG功能分类中,23203个Unigene被GO注释到生物过程、细胞组成和分子功能三大类51个功能分类,12810个Unigene被注释到25个COG功能分类中.[结论]利用高通量测序技术获得了红脚艾转录组信息特征,这些数据将为后期开展功能基因鉴定、解析化合物次生代谢途径及其调控机制奠定研究基础.