基于分子对接研究小分子对冰核蛋白的微观抑制机理

• 作者: 胡响响 丁雅丽 冯玄 张然 石彤非 卫来
• 来源期刊: 华东理工大学学报（自然科学版）
• 学科: 化学
• 关键词: 冰核蛋白 分子建模 AutoDock 聚甘油 北方假单胞菌
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 应用化学|Applied Chemistry
• 页码范围: 1-7
• 页数: 7页
• 分类号: O641
• 语种: 中文
• DOI: 10.14135/j.cnki.1006-3080.20201218002

摘要

使用分子模拟软件AutoDock研究了甘油和三聚甘油分子与北方假单胞菌的冰核蛋白(PbINP)模型之间的相互作用,以期阐释聚甘油对冰核细菌丁香假单胞菌冰核蛋白(INP)冰成核抑制行为的分子机理,以及该机理是否在INP类结构中具有普适性.模拟结果显示了配体分子与TXT(T表示苏氨酸,X表示其他残基)结冰模板和酪氨酸(TYR)阶梯结构之间的不同结合能力,并且在配体与TXT结冰模板的结合中发现有INP的其他残基参与结合.表明配体分子与INP的特异性结合可能适用于其他具有类似结构的INP.该结果为聚甘油作为冷冻保护材料的开发和进一步理解INP的结冰机理提供了有用的理论信息.