基于SNP芯片的海南猪全基因组选择信号分析

• 作者: 冯雪燕 刁淑琪 刘玉强 徐志婷 魏趁 袁晓龙 李加琪 张哲
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 海南猪 选择信号 SNP iHS ROH
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种|ANIMAL GENETICS AND BREEDING
• 页码范围: 349-359
• 页数: 11页
• 分类号: S828.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2022.02.003

摘要

旨在通过检测海南猪全基因组上的选择信号,以挖掘与海南猪重要经济性状相关的候选基因,并解析讨论海南猪在进化驯化历史中的受选择情况.本研究利用68头海南猪的GeneSeek Genomic Profiler Procine SNP 80K芯片数据,使用整合单倍型分数(integrated haplotype score,iHS)的方法进行全基因组选择信号检测,并进行了全基因组长片段纯合(runs of homozygosity,ROH)检测分析;以"标准化iHS分数＞1.96 (P＜0.05)"为阈值筛选候选位点,并向上、下游各延伸200 kb作为iHS方法检测到的候选区域,定义其中与ROH检测得到的片段发生"完全重叠"的区段为潜在受选择区域.为进一步探索海南猪选择信号的生物学功能,本研究进行了包含基因注释、QTL(quantitative trait locus)探索和富集分析在内的生物信息学分析.该研究对经过质量控制后剩余的44578个SNPs,使用iHS方法共检测到395个潜在受选择位点,检测得到172个ROH片段,获得136个潜在受选择区域,注释到469个候选基因.对潜在受选择区域进行QTLs探索分析,结果揭示了海南猪的选择信号多与其肉质性状、生长性状、抗病性状相关;此外,与海南猪的初情期启动日龄相关的QTL主要被报道与SSC12(Sus Scrofa chromosome 12)上的潜在受选择区域重叠.此外,通过候选基因的GO(gene ontology)和KEGG(kyoto encyclope-dia of genes and genomes)通路富集分析发现,有91个候选基因在21项功能条目(P＜0.05)上显著富集,主要集中在生长代谢、免疫应答和雌激素信号通路相关的条目上.本研究揭示了海南猪群体在其驯化历史上可能受到的选择情况.研究表明,在海南猪全基因组范围内进行选择信号检测,有助于进一步了解海南猪的进化历史及其重要经济性状的遗传机制,在一定程度上为华南型地方猪种种质资源的保存利用和相关研究提供参考.