2种常见CRISPR-Cas系统在苹果中的适用性特征

• 作者: 岳鹏 高海琴 李哲 米志波 郑博 赵彦敏
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 苹果 CRISPR-Cas 适用性特征 PAM出现频率 基因编辑
• 年，卷（期）: 2022,（7）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 43-51
• 页数: 9页
• 分类号: S661.101
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2022.07.006

摘要

运用生物信息学方法初步分析CRISPR-Cas9和Cpf1在苹果中的整体适用性特征,以期为苹果基因组编辑和CRISPR-Cas在苹果研究中的推广使用提供一定的参考和便利.结果表明,苹果染色体中有数量可观的PAM,平均间隔7 bp碱基有1个5'-NGG、间隔3 bp有1个5'-TTN;也就是说5'-TTN比5'-NGG的出现频率高.SpCas9、FnCpf1分别有29.0％、26.9％的作用位点几乎覆盖了所有染色体基因,个别不能被SpCas9识别的基因能被FnCpf1识别,反之亦然.苹果的CRISPR靶序列有大量重复,单一靶序列被视为能被Cas蛋白特异识别并有效编辑.在靶序列长度为20 nt时,99.5％的染色体基因可至少被其中1种Cas蛋白编辑,分别具有不同的可编辑度搭配;其中的237个基因只能被1种Cas蛋白编辑,填补了另一种Cas蛋白留下的编辑空白,另有220个染色体基因(0.5％)不能被任一种Cas蛋白编辑,即2种Cas蛋白同时留下编辑空白,没有互补.