乙型脑炎病毒感染PK15细胞的lncRNA差异表达谱分析

• 作者: 朱静静 戴政列 汪涵 李向臣 赵阿勇 周晓龙 杨松柏
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪 乙型脑炎病毒 先天免疫反应 PK15细胞 高通量测序
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 基础兽医|BASIC VETERINARY MEDICINE
• 页码范围: 272-281
• 页数: 10页
• 分类号: S855.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2022.01.027

摘要

旨在分析乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)感染猪肾上皮细胞PK15后的lncRNA差异表达谱,探究宿主lncRNA在JEV感染和宿主防御中的潜在功能.本研究中利用JEV感染PK15细胞,感染36 h,收集细胞,同时设立未感染对照组,每组3个生物学重复.提取细胞总RNA,构建cDNA文库后进行高通量测序,筛选出差异表达lncRNA.通过对差异表达lncRNA与mRNA的位置关系以及序列相似性预测顺式和反式作用的靶基因,将预测的靶基因进行GO和KEGG分析.最后随机选出9个差异表达lncRNAs,利用实时荧光定量PCR(quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)技术进行表达验证.结果 表明,本研究中共鉴定出856个差异表达lncRNAs,其中452个lncRNAs显著上调表达,404个lncRNAs显著下调表达.GO分析发现,lncRNA的靶基因主要富集于先天性免疫反应;KEGG通路分析发现lncRNA的靶基因显著富集于肿瘤坏死因子、Toll样受体和N F-κB等信号通路.通过qRT-PCR验证发现,定量结果和测序结果基本一致.本研究为进一步探究lncRNA参与宿主免疫反应调控JEV复制奠定了理论基础.