21种大眼蟹线粒体COI基因比较及系统进化分析

• 作者: 孟磊 张莹 张旭 龚理 韦信贤 童桂香 高阳
• 来源期刊: 南方农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大眼蟹 DNA条形码 线粒体COI基因 遗传距离 系统发育
• 年，卷（期）: 2023,（7）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 2015-2024
• 页数: 9页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2022.07.025

摘要

【目的】比较大眼蟹科物种线粒体COI基因序列差异，探究COI基因作为大眼蟹科物种鉴定分子标记的可行性；同时基于COI基因序列构建目前最全面的大眼蟹科系统发育树，为大眼蟹科系统发育研究提供理论依据。【方法】测定拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹3种大眼蟹的线粒体COI基因全序列，结合GenBank已公布的18种大眼蟹科COI基因部分序列，采用MatGAT 2.02进行多序列比对分析，并以三疣梭子蟹和红星梭子蟹为外类群，通过MEGA X中的最大似然法（ML）和最大简约法（MP）分别构建系统发育进化树。【结果】拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹线粒体COI基因全序列长均为1534 bp，编码511个氨基酸残基，且均以ATG作为起始密码子及T作为不完全终止密码子。用于多序列比对的序列长度为657 bp，连续编码219个氨基酸残基，不存在碱基插入或缺失现象，碱基含量为28.9%~35.9% T、18.9%~27.2% C、25.3%~29.7% A及16.6%~19.0% G。核苷酸序列和氨基酸序列比对分别发现267和20个变异位点，且绝大多数变异位点出现在第3位密码子，而第2位密码子非常保守，即均表现出遗传密码的简并性.遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均表明，日本大眼蟹与万岁大眼蟹的亲缘关系最近、太平大眼蟹与绒毛大眼蟹的亲缘关系最近，而拉氏大眼蟹的进化地位及大眼蟹属是否为单系群还需进一步研究。【结论】21种大眼蟹线粒体COI基因序列均有区别于其他种类的特异位点，可考虑作为物种鉴定的分子标记；但用于多序列比对的COI基因部分序列包含有效信息位点有限，在解析某些物种间的亲缘关系上仍显不足，部分种类间的亲缘关系可信度较低，因此后续研究应基于更多基因序列及更多物种数以解决这一问题。