摘要:

快速准确的分子诊断是控制传染病和疫情暴发的关键工具.随着新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染导致的肺炎患者数量迅速增加和疫情蔓延,已有SARS-CoV-2基因组序列、核酸检测的诊断试剂和方法相继报道,高深度全基因组测序和RT-PCR是目前检测SARS-CoV-2的重要方法.但是,核酸检测阴性而影像学诊断阳性的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)案例逐步增加,因此,提高核酸分子诊断的效能和灵敏度是亟待解决的问题.目前,SARS-CoV-2的起源、动物和人的传播途径、分子诊断及临床治疗、疫情暴发科学预警等已经成为研究热点.本文从遗传学、基因组学、病毒学和进化生物学的角度,对SARS-CoV-2基因组变异与分子诊断的近期研究进展进行分析.通过比较SARS-CoV-2与SARS-CoV(SARS冠状病毒)基因组以及感染患者基因组变异,以期为精准快速的分子诊断、抗病毒药物的靶点筛选提供依据,同时为SARS-CoV-2追踪溯源、精准快速核酸分子诊断方案设计、临床防治提供新思路.

摘要:

青藏高原是气候变迁的敏感区.但第四纪以来全球气候的反复变化对该地区植物分布格局的影响至今未进行过仔细研究.线粒体DNA在松科植物中是母系遗传,其变异被广泛用于研究该科植物历史上由于气候变迁造成的瓶颈作用以及冰期后扩张中形成的奠基者效应.对青海云杉位于青藏高原核心、其边缘甘肃和宁夏地区共12个种群155个个体的线粒体nad1片段的全序列进行测序,研究该序列在各种群中的变异状况.通过测序发现该片段在青海云杉中十分保守,在所有个体中仅发现由于重复序列造成的5种单倍型(Hap A,Hap B,Hap C,Hap D和Hap E).高原核心的所有种群均只有Hap A,而所有的4种单倍型都在高原边缘的甘肃地区存在,但这一地区仍然是Hap A占优势;但是在远离高原的宁夏地区则存在5种单倍性;多样性的变异趋势是宁夏地区高于高原边缘的甘肃地区,而甘肃地区又显著高于高原核心地区.这一结果表明,在过去气候变迁过程中,不同地区的青海云杉种群经历了不同的气候影响,这种影响造成的奠基者效应或者瓶颈作用是造成目前这种遗传多样性分布格局的主要原因.现有的单倍型分布格局,特别是高原上所有间断分布种群拥有相同的单倍型表明,森林回迁中的奠基者效应应是更为重要的因素.

摘要:

NAC基因在植物的逆境胁迫中发挥着重要作用。本研究参照水稻和拟南芥的逆境相关NAC基因，采用生物信息学方法鉴定了大豆逆境相关 GmNAC基因，利用荧光定量 PCR技术分析了GmNAC基因在耐盐差异的大豆品种根部、叶片的表达及其对NaCl胁迫的应答，采用反转录PCR技术克隆了表达差异显著的GmNAC基因。结果表明，大豆GmNAC基因家族包含175个基因，其中11个基因所编码的GmNAC蛋白与水稻和拟南芥的逆境相关NAC蛋白位于同一进化分支，这些蛋白具有高度保守的 NAC 结构域；这11个 GmNAC 基因在大豆根部的表达均高于在叶片，而且在叶片和根部均受NaCl诱导，部分基因在根部和叶片以及品种间表现出不同的表达规律；在大豆品种齐黄34、徐豆10和汾豆95中， Glyma06g11970.1存在3个同义突变和1个非同义突变， Glyma06g16440.2存在1个同义突变。

摘要:

对中国东南沿海4个日本囊对虾地理群体16S rRNA基因片段进行了序列测定和分析.在获得的467bp 序列中,共检测到45个变异位点,多态位点比例为9.64%.具有10种单倍型,三亚群体单倍型多样性最高(0.900±0.161).各群体的核苷酸多样性(π)为0.0007～0.0082,其中三亚群体核苷酸多样性最为丰富,远高于湛江、北海和海口群体.群体间遗传分化指数(F_(st))为0.000～0.945.结合已报道的16S rRNA基因序列,构建了NJ分子系统树,中国海域日本囊对虾可分为3支.香港至台湾沿岸所有单倍型聚集为一分支,湛江、海口和北海群体内的所有单倍型聚集成另一分支,两分支分别属于已报道的变种Ⅰ和变种Ⅱ,但三亚群体内的4个单倍型单独聚集成一分支,与前两分支的核苷酸序列差异大(7.95%～8.35%),遗传分化明显,可能为一亲缘关系很远的新种(或变种).研究结果可为日本囊对虾的资源管理和遗传选育提供参考.

摘要:

为明确引起福建省福州地区豨莶上黄脉症状的病原,利用PCR技术,从3个样品上均扩增到双生病毒约500 bp的特异片段,选择病毒分离物Fz02进行全序列测定.结果表明:Fz02 DNA-A全长2771 nts,具有典型的双生病毒的基因组结构特征,与豨莶黄脉病毒广州分离物(SbYVV-Gz01)同源性最高,达93.4％.利用设计的卫星分子的特异性引物,在病毒分离物Fz02中扩增到betasatellite分子(Fz02β).Fz02β全长1359 nts,与SbYVV广东分离物(GD13)伴随的betasatellite同源性最高,为85.3％.系统关系树表明,Fz02与SbYVV各分离物聚类为一个大分支.此外,SbYVV序列变异较大.

摘要:

罗非鱼种间,尤其是尼罗罗非鱼与杂种尼奥罗非鱼之间,很难区分.本文对尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、莫桑比克罗非鱼和杂交种尼奥罗非鱼 (尼罗罗非鱼♀9×奥利亚罗非鱼δ)和红罗非鱼的核糖体DNA内部转录间隔子1(IYS1)序列及其两侧的18S和5.8S部分序列特征进行分析,以筛选种间鉴别标记.PCR扩增产物大小约700 bp,测序结果表明,(去除弓l物后) 18S长146 bp,5.8S长66 bp,不同种类之间无差异;ITS1长383-483 bp,因种类不同而异,其GC含量大于AT含量,达到67.1%.序列比对分析结果表明,18S和5.8S片段高度保守,但各有3个变异位点可以把上述几个种和杂种相互区分开;18S序列上有一个UnbI限制性酶切位点,可作为尼罗和尼奥罗非鱼的鉴别标记.ITS1序列种间变异大,系统发育分析表明,所研究的5个种聚成2个类群,尼罗与尼奥罗非鱼为一组,莫桑比克一红罗非鱼一奥利亚罗非鱼为另一组.组内种间遗传距离较小,尼罗和尼奥罗非鱼的种问遗传距离为0.006;莫桑比克、奥利亚和红罗非鱼的种间遗传距离在0.007-0.009之间;两组罗非鱼之间的遗传距离较大,在0.030-0.035之间,表明罗非鱼ITS1序列多态性较高,适合于种类区分.结合部分18S和5.8S序列,细胞核rDNA具有鉴别罗非鱼及其杂种的潜力.

摘要:

根据牛(Bos taurus)主要组织相容复合体(MHC)DRB3基因的已知序列设计引物,对中国牦牛(B.grunniens)的DRB3基因exon2进行扩增和克隆测序,并根据DRB3基因exon2序列对牛亚科的遗传多样性和分子系统发育进行了分析.结果在234的片段中发现有115个多态位点,多态位点百分率为49.15%.由标准遗传距离和净遗传距离构建的牛亚科系统发育树,可将牛亚科分为5个属,支持将牦牛作为牛亚科中一个独立的属的观点.多态性较丰富的DRB3基因exon2适于属间系统发育分析.

摘要:

设计双层洞穴式弹涂鱼捕捉器，于雷州半岛红树林海区捕获弹涂鱼类野生群体，筛选出弹涂鱼（Periophthalmus modestus）、大弹涂鱼（Boleophthalmus pectinirostris）2个优势种群，并获取其线粒体控制区（D-loop）和cox 1基因部分序列，进行序列变异分析及遗传分析。结果表明，cox 1基因和D-loop区碱基组成A+T含量均大于C+G。cox 1数据揭示，大弹涂鱼变异位点占总长度2.1%，弹涂鱼占2.4%，种内平均遗传距离分别为0.003、0.006，种间遗传距离为0.158，37个个体共定义22个单倍型，单倍型多样性为0.95045。而D-loop区数据指明，大弹涂鱼变异位点占总长度4.9%，弹涂鱼占7.5%，种内平均遗传距离分别为0.012、0.019，种间距离为0.409，37个个体定义32个单倍型，单倍型多样性水平极高（0.98949）。中性检验结果显示，2种弹涂鱼进化历程符合中性进化假设，且存在群体扩张的可能。综合cox 1基因和控制区数据显示：弹涂鱼种群遗传多样性高于大弹涂鱼。

摘要:

研究了青海沙蜥红原亚种(Phrynocephalus vlangalii hongyuanensis)分布于四川若尔盖辖曼(XM)、红原(HY)和甘肃玛曲(MQ)这3个地理单元7个居群的ND4-tRNAleu基因的序列变异和遗传多样性.72个序列比对得到785bp的片断,含变异位点7个,定义了9种单倍型.结果显示7个居群总的核苷酸多样性较低(0.00231±0.00016),单倍型多样性较高(0.806±0.024);就单个居群而言,MQa、MQb、XMb的遗传多样性低,XMc相对较高.各居群间的Kimura双参数遗传距离小(0.001-0.005),最大遗传距离出现在MQa和xMa之间,XM单元各居群之间遗传距离最小.但分子变异分析(AMOVA)显示3个单元间出现了显著差异(P<0.01),遗传变异主要存在于地理单元间,占62.61%.除MQ单元形成一支,单倍型网络图没有显示出单倍型和地理位置的对应关系,XM各居群以及HY混杂在一起.XM单元单倍型的不配对分布(Mismatch distribution)为明显左移的单峰,同时Fu's Fs test得到负值(Fs=-2.21937),这都暗示XM单元可能经历了近期种群扩张,这是其单倍型多样性较高和核苷酸多样性较低的原因.MQ单元遗传多样性低而与其他单元显著分化,推测与黄河在若尔盖玛曲之间贯通有关.近期沼泽的形成对XMb的隔离时间短,使得其遗传多样性低但还不足以形成大的遗传差异.

摘要:

测定了2个短尾猴和1个红面猴个体的线粒体细胞色素b基因全序列,与猕猴、食蟹猴和叟猴的序列合并比较,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点,并以阿拉伯狒狒为外群,构建系统发生树.结果表明,短尾猴基因序列中A、T、G、C的含量分别为29.0%、25.5%、11.8%、33.6%,红面猴中A、T、G、C的含量分别为29.4%、24.3%、11.4%、34.9%,碱基组成具有哺乳动物的共同特点,短尾猴与红面猴序列间的同源性为90.1%.红面猴与食蟹猴之间的同义替换和异义替换值(Ks、Ka)以及Kimura双参数距离都要小于红面猴与短尾猴之间的差异值,在构建的系统发生树中,叟猴最早分化出来,红面猴并未与短尾猴聚为一支,而是与猕猴、食蟹猴聚在了一起.