EGFR和4-苯胺喹唑啉类抑制剂之间相互作用模式的研究

• 作者: 侯廷军 徐筱杰 朱丽荔 陈丽蓉
• 来源期刊: 化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: MM/PBSA 分子动力学 结合自由能 EGFR
• 年，卷（期）: 2002,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1023-1028
• 页数: 6页
• 分类号: O6
• 字数: 5397字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0567-7351.2002.06.013

摘要

采用分子动力学和MM/PBSA相结合的方法预测了表皮生长因子受体和4-苯胺喹唑啉类抑制剂的相互作用模式.在分子动力学采样的基础上,采用MM/PBSA的方法分别预测了四种可能结合模式下表皮生长因子受体和4-苯胺喹唑啉类抑制剂间的结合自由能.在MM/PBSA计算中,受体和抑制剂之间的非键相互作用能采用分子力学(MM)的方法得到;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Possion-Boltzmanne(PB)方程的方法得到;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积计算(SA)的方法得到.计算表明,在四种结合模式下,表皮生长因子受体和4-苯胺喹唑啉类抑制剂之间的结合自由能有较大的差别.在最佳的相互作用模式中,抑制剂的苯胺部分位于活性口袋的底部,能够与受体残基的非极性侧链产生很强的范德华和疏水相互作用.抑制剂喹唑啉环上的N(1)原子能够和Met-769上的NH形成稳定的氢键,而抑制剂上的N(3)原子则和周围的一个水分子形成氢键.同时,抑制剂双环上的取代基团也能和活性口袋外部的部分残基形成一定的范德华和疏水相互作用.最佳结合模式能够很好地解释已有抑制剂结构和活性间的关系.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐筱杰	北京大学化学与分子工程学院北京大学养生堂天然药物研究室	101	1678	23.0	36.0
2	侯廷军	北京大学化学与分子工程学院北京大学养生堂天然药物研究室	38	407	11.0	19.0
3	朱丽荔	北京大学化学与分子工程学院北京大学养生堂天然药物研究室	15	268	7.0	15.0
4	陈丽蓉	北京大学化学与分子工程学院北京大学养生堂天然药物研究室	7	124	5.0	7.0