拟南芥与水稻之间简单重复序列的比较分析

• 作者: 李璨 韩斌
• 来源期刊: 植物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 拟南芥 水稻 简单重复序列 基因组
• 年，卷（期）: 2004,（5）
• 所属期刊栏目: 发育与分子生物学
• 页码范围: 603-609
• 页数: 7页
• 分类号: Q943
• 字数: 533字
• 语种: 英文
• DOI: 10.3321/j.issn:1672-9072.2004.05.014

摘要

利用Peri,C++语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序,在全基因组水平上分析了拟南芥(Arabidopsisthaliana L.)简单重复序列的分布及简单重复序列和基因的关系.共发现5 652个简单重复序列(≥20bp),大约每20.6kb有1个简单重复序列.拟南芥各染色体之间简单重复序列的密度基本一致.拟南芥的27 480条编码序列中,只有677条编码序列含有725个简单重复序列,其中的3碱基简单重复序列多数对应的是小的亲水性的氨基酸.在拟南芥和水稻(Oryza sativa L.)第4号染色体的高度保守的基因中,简单重复序列却并不保守.通过比较拟南芥和水稻之间简单重复序列的差异,推论出:水稻的全基因组和基因中简单重复序列的密度都比拟南芥大,这可能是水稻基因组序列比拟南芥大的原因之一,水稻基因组中0.21%来自简单重复序列,而拟南芥中只有0.13%;不但不同物种的基因组对简单重复序列的偏好性不同,而且不同物种的基因对简单重复序列的偏好性也不同.在水稻和拟南芥中部发现了一些嵌套性的卫星序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韩斌	中国科学院国家基因研究中心	24	225	8.0	14.0
2	李璨	中国科学院国家基因研究中心	1	16	1.0	1.0