Channel catfish重组激活基因克隆与鉴定

• 作者: 公衍文 府伟灵 张云 张雪 黄庆
• 来源期刊: 第三军医大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 重组激活基因 v(D)J重排 聚合酶链反应 简并引物 生物信息学
• 年，卷（期）: 2004,（8）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 700-703
• 页数: 4页
• 分类号: Q75|Q785
• 字数: 4304字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-5404.2004.08.013

摘要

目的尝试用简并引物扩增序列未知的channel catfish基因组DNA中ragl基因的片段并测序,为ragl基因的早期进化模式和遗传学变异情况的研究提供直接的证据.方法基于ragl基因的高度保守设计简并引物,PCR扩增channel catfish基因组DNA中ragl基因的片段,TA克隆并双向测序.将所得序列资料拼接,用多种生物信息学方法分析其ORF、内含子、与其它物种ragI基因及Ragl蛋白的相似性,并做多序列比较和系统进化树分析.结果扩增出3条chan-nel catfish ragl基因的DNA片段.从拼接后的序列中找到一2 235bp的ORF和一293bp的内含子,所得序列与其它物种ragl基因的相似程度高(多大于70%),去除内含子后的channel catfish ragl基因序列与zebrafish、rainbow trout、bull shark的ragl基因cDNA全序列碱基一致的位点占43.9%,自第1 352位碱基至2 925位碱基为53.1%,而自第1位碱基至1 351位碱基为33.2%,有非常显著的差异(P＜0.01).结论用简并引物成功扩增出channel catfish ragl基因的DNA片段.序列在GenBank中的登记号是:AY423858(去除内含子序列),AY423859.ragl基因进化缓慢,高度保守,不同物种ragI基因的变异相对集中在氨基末端的区域.系统进化树分析显示了13种硬骨鱼在进化上关系的亲疏.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	府伟灵	第三军医大学西南医院检验科	406	5132	33.0	56.0
2	张雪	第三军医大学西南医院检验科	58	837	12.0	27.0
3	黄庆	第三军医大学西南医院检验科	86	1133	14.0	31.0
4	公衍文	第三军医大学西南医院检验科	7	33	3.0	5.0
5	张云	第三军医大学西南医院检验科	15	46	3.0	6.0