基于水稻基因组序列SSR的多态性分析

• 作者: 朱军 汪旭升 陈仲中
• 来源期刊: 中国水稻科学
• 学科: 农学
• 关键词: 简单重复序列 水稻 多态性
• 年，卷（期）: 2005,（4）
• 页码范围: 303-307
• 页数: 5页
• 分类号: Q943|S330|S511.03
• 字数: 3964字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1001-7216.2005.04.003

摘要

根据Monsanto公司所发布的6655个序列[由简单重复序列(SSR)及其两翼各100个碱基组成],通过生物信息学的方法,找到了在籼稻(Oryza sativa subsp.indica)品种93-11与粳稻(Oryza sativa subsp.japonica)品种日本晴的基因组序列中匹配最好的1453个同源位点.在这些位点中,93-11和日本晴中分别搜索到了1449个和1451个SSR.通过对SSR的分类比较,发现在93-11和日本晴的相同位点存在1175个具有相同基序的SSR,其中371个具有相同的基序和重复个数,804个具有相同的基序但重复次数有差异.具有相同基序但重复次数有差异的SSR类型中,频率最高的是2个核苷酸的重复子,占62.94%,基序为5个和6个核苷酸的SSR则较少.对水稻这两个品种相应区域SSR的多态性比较分析,揭示了用这些特定类型的SSR可以在这两个品种的特定区域发展新的SSR标记,并为研究这两个品种之间遗传变异、基因组功能之间的差异等提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱军	浙江大学生物信息学研究所	84	2160	29.0	44.0
2	汪旭升	浙江大学生物信息学研究所	11	193	6.0	11.0
3	陈仲中	浙江大学生物信息学研究所	1	23	1.0	1.0