应用生物信息学方法分析人HCA56基因

• 作者: 冯进波 曲迅 杨美香 陈慰峰 韩克军
• 来源期刊: 基础医学与临床
• 学科: 生物学
• 关键词: 生物信息学 功能预测 HCA56
• 年，卷（期）: 2005,（2）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 169-172
• 页数: 4页
• 分类号: Q7
• 字数: 2382字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-6325.2005.02.015

摘要

目的利用生物信息学对新克隆的人ligatin 样基因HCA56的基因和蛋白序列进行分析,探讨生物信息学在新基因研究中的作用.方法以人类基因组数据库为基础,利用电子PCR和SAGE数据库对HCA56进行染色体定位和组织表达分布分析;BLAST程序进行HCA56的基因结构分析和相似序列搜索;ORF finder和Gene Runner3.05程序对HCA56编码蛋白进行序列预测和功能分析.结果得出HCA56的全长cDNA为2 021 bp,定位于染色体1q31-q32,其最长的开放读码框架为1 755 bp,编码584个氨基酸,编码氨基酸含有一个亮氨酸拉链和一假定的RNA结合保守序列.相似性搜索发现HCA56基因片段与人ligatin基因片段具有很高的相似性(99%).SAGE结果显示HCA56在多种组织中都有表达.结论生物信息学是进行新基因研究的有效方法;HCA56很可能是ligatin的全长编码基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	曲迅		2	23	2.0	2.0
2	杨美香		1	17	1.0	1.0
3	冯进波		1	17	1.0	1.0